После освобождения Киева советскими войсками Киевский в честь Покрова Пресвятой Богородицы женский монастырь на собственные средства открыл госпиталь для раненых бойцов. С приходом первого полевого госпиталя Киевский в честь Покрова Пресвятой Богородицы женский монастырь передал ему всё медоборудование, спасённое сёстрами от вывоза в Германию. 19 июля 1943 г. был открыт монастырский Покровский храм, пределы которого, прежде освящённые во имя пророка Илии и Всех святых, переосвятили во имя архангела Михаила и преподобного Агапита Киево-Печерского. 16 мая 1949 г. отремонтированный Никольский собор был освящён митрополитом Киевским и Галицким Иоанном (Соколовым), 30 июня 1950 г. правый придел собора освящён во имя Всех святых, 9 июля 1951 г. левый – во имя преподобного Сергия Радонежского. В 1950 г. в нижнем храме собора был освящён престол в честь иконы Божьей Матери «Живоносный Источник», в ноябре того же года – придел во имя преподобного Серафима Саровского. В 1960 г. были уничтожены здания трапезной и амбулатории. 6 июня 1961 г. Киевский горисполком принял решение: «Передать корпус №21 Горздравотделу для расширения городской клинической больницы, а монахов, проживающих в этом корпусе, расселить в других корпусах монастыря; вместе с корпусом №21 передать больнице усадьбу 0,45 га». Одновременно было решено «просить Совет по делам Русской православной церкви при Совете Министров СССР дать согласие и снять с регистрации Покровский монастырь» (Государственный архив города Киева). 1 октября 1963 г. решением Киевского горисполкома за подписью его председателя Алексея Ииосифовича Давыдова следовало «изъять помещение собора у монастыря и возвратить АН УССР для размещения библиотечного фонда, а также обязать АН УССР и клиническую больницу Шевченковского района сделать капитальное ограждение между монастырём и изъятым помещением, больницей и прилегающими к ним территориями» (Государственный архив города Киева). Но решение горисполкома выполнено не было. В 1980 г. строения Киевского в честь Покрова Пресвятой Богородицы женского монастыря были взяты под охрану как памятники архитектуры местного значения. Никольский собор пострадал вследствие пожара от удара молнии в 1981 г. В 1982–1986 гг. в соборе, в 1989–1993 гг. в Покровской церкви велись ремонтно-реставрационные работы. В мае 1999 г. митрополит Киевский и всея Украины Владимир (Сабодан) совершил освящение отремонтированного Покровского храма. В 2001 г. Киевская городская администрация распорядилась провести ремонтно-реставрационные работы в Никольском соборе.