11 января 1889 г. протоиерей В.И. Лебедев освятил место, избранное для его сооружения. Именно этот день считается официальной датой основания монастыря. К 1899 г. на территории Киевского в честь Покрова Пресвятой Богородицы женского монастыря находились трёхпридельный деревянный на каменном фундаменте собор в честь Покрова Пресвятой Богородицы с правым приделом во имя св. пророка Илии, левым – во имя Всех святых (освящён 17 декабря 1890 г.). К собору примыкал главный двухэтажный корпус с домовой церковью во имя архангела Михаила, кельей Александры Петровны, приёмным покоем, библиотекой, ризницей, кельей игуменьи и т.д. На верхнем этаже располагались покои для приёма высокопоставленных особ. На территории монастыря архитектором Николаевым также были построены больница с церковью во имя преподобного Агапита Киево-Печерского («старый хирургический корпус», 1893–1895 гг.), корпус для терапевтических больных с домовой церковью в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» (1897–1898 гг.), звонница с 11 колоколами (самый большой – 101 пуд), «покойницкая» часовня, двухэтажный корпус с отделением для слепых, малый (Николаевский) барак на восемь кроватей, «заразный» барак на 15 кроватей, здание бесплатной лечебницы для приходящих больных (1897–1898 гг., на месте здания по ул. Артёма, 52а), просфорня (1898 г.), аптека с кельями (1897 г.) и, как полагают исследователи, св. врата. В аптеке малоимущие граждане получали бесплатные медикаменты по рецептам, выписанным монастырскими врачами. Имелись и двухэтажный корпус с монастырской портняжной мастерской и кельями, три сторожки для сестёр-привратниц, хозяйственные постройки. С разрешения киевского губернатора от 5 апреля 1891 г. по проекту гражданского инженера К. Тарасова вокруг Киевского в честь Покрова Пресвятой Богородицы женского монастыря была возведена каменная ограда. Строительство осуществлялось под руководством иеромонаха Авраамия, главного архитектора Киево-Печерской лавры. В ограде был четыре входа в монастырь: с Дионисьевского пер. (ныне Бехтеревский пер.) через св. ворота; через экономические ворота; так называемые Житомирские ворота, которые прилегали к упразднённому кладбищу Вознесенской церкви; с северной стороны через Глубочицкое шоссе. За оградой Киевского в честь Покрова Пресвятой Богородицы женского монастыря были сооружены двухэтажная гостиница, странноприимный дом, двухэтажный корпус для духовенства и хозяйственные постройки. 6 сентября 1895 г. Киевскому в честь Покрова Пресвятой Богородицы женскому монастырю был выделен «Ярославов вал», расположенный в Лукьяновском полицейском участке, между упразднённым Вознесенским кладбищем и монастырской оградой. 22 июля 1896 г. игуменья Каллисфения подала рапорт на имя митрополита Киевского и Галицкого Иоанникия (Руднева), в котором испрашивала благословение на сооружение на этом участке собора во имя Николая Чудотворца. 21 августа 1896 г. император Николай II собственноручно положил первый камень в его основание. 7 июня 1897 г. указом Киевской духовной консистории был утверждён проект на строительство Никольского собора.