Одновременно к 1923 г. при поддержке властей в Киевском в честь Покрова Пресвятой Богородицы женском монастыре сформировался центр Киевской группировки раскольнической «Живой церкви». Так, уже с декабря 1922 г. в монастырской домовой Михайловской церкви проходили заседания съезда Киевской группировки «Живой церкви», в феврале 1923 г. – первый Всеукраинский съезд белого духовенства и мирян «Живой церкви». После 1923 г. некоторое время на территории Киевского в честь Покрова Пресвятой Богородицы женского монастыря проживали две общины: одна, во главе с новой игуменьей Митрофанией (Демеховой), старалась приспособиться к существующим реалиям и шла на контакт с властями, а другая – категорически отказывалась принимать власть и осталась верной игуменье Софии (Гринёвой), которая благодаря приобретению дачи в посёлке Ирпень пыталась наладить монастырский быт на новом месте. Игуменью Софию активно поддержал бывший старший священник монастыря Димитрий Иванов. К концу 1920 гг. на территории Киевского в честь Покрова Пресвятой Богородицы женского монастыря разместились «городок металлистов» и другие учреждения. Храмы были закрыты; в Никольском соборе устроены типография и книгохранилище Украинской Академии Наук, в Покровской церкви – детские ясли, а с 1934 г. – клуб железнодорожной больницы. В 1923 г. в бывшем Межигорском монастыре разместился Художественно-керамический техникум, преобразованный затем в институт. В 1930 гг. здесь открылся дом отдыха писателей. В 1934 г. здания Межигорского монастыря были снесены для строительства государственных дач. В октябре 1941 г., во время нацистской оккупации Киева, Киевский в честь Покрова Пресвятой Богородицы женский монастырь был открыт, сёстрам во главе с игуменьей Архелаей (Савельевой) предоставили третью часть прежней территории обители. К февралю 1942 г. временно управляющий Киевской епархией епископ Пантелеимон (Рудык) образовал при Киевском в честь Покрова Пресвятой Богородицы женском монастыре епархиальное управление (консисторию). Весной 1942 г. в Киевском в честь Покрова Пресвятой Богородицы женском монастыре открылась амбулатория. По воспоминаниям, киевские врачи, рискуя жизнью, выдавали фиктивные справки о болезнях и таким образом спасали советских граждан от вывоза на работы в нацистскую Германию. Осенью 1943 г. линия фронта приблизилась к Киеву, монастырь попал в «запретную зону». Невзирая на угрозы и приказы фашистских властей, монахини во главе с игуменьей отказались покидать кельи. Закрывшись в сыром помещении под одним из храмов, сёстры сорок дней, до самого освобождения Киева, пребывали там вместе с 300 гражданами, скрывавшимися от преследования гитлеровцев.