Привилегии сербов существенно ограничила «Декларатория» («Rescriptum Declaratorium Illyricae Nationis»), принятая в 1779 г. и действовавшая до 1868 г. Согласно этому акту, во всех гражданских делах сербы подчинялись светским или военным властям в зависимости от места проживания, митрополит Карловацкий, как духовный глава сербов, избирался на общенародных Соборах, состоящих из 75 депутатов (по 25 человек от граничарского, городского и духовного сословий), заседания Собора и Синода должны были проходить в присутствии императорского комиссара, а принятые ими решения вступали в силу только после утверждения императором. За митрополией оставалось лишь право на управление своими школами. Хотя Печская патриархия уже была упразднена, отдельная глава «Декларатории» запрещала Карловацкому митрополиту поддерживать связи с Печем. В Карловацкой митрополии в этот период было девять епархий: Карловацкая, Бачская, Темишварская, Вршацкая, Пакрацкая, Будимская, Горно-Карловацкая, Костайницкая и Арадская. 13 октября 1781 г., когда митрополит Моисей (Путник; 1781–1790 гг.) управлял Карловацкой митрополией, император Иосиф II издал «Акт о веротерпимости», уравнявший все вероисповедания. 5 апреля 1782 г. была учреждена консисториальная система, которая контролировала заключение браков между православными, дисциплину священнослужителей и монахов, ведение метрических книг на приходах и другие вопросы духовного и церковно-административного характера. Во время Австро-турецкой войны 1788–1791 гг. благодаря сербским отрядам Вена временно вернула себе Белград, Валево и Смедерево и одобрила созыв в 1790 г. Темишварского Церковно-Народного собора, который избрал Карловацким митрополитом Стефана (Стратимировича) и попросил власти выделить сербам земли и вернуть им привилегии. В ответ на эти просьбы власти учредили Иллирийскую придворную канцелярию, упразднённую в 1792 г. Митрополит Стефан (Стратимирович) заботился об укреплении церкви и смог урегулировать с властями ряд вопросов. Он пользовался авторитетом у сербов в Далмации, Боснии и Герцеговине, Черногории, особенно в Белградском пашалыке, где в 1804 г. было поднято первое Сербское восстание и основано Сербское княжество. Оставаясь лояльным к венскому двору, он активно помогал участникам Сербского восстания и благословил священников принимать участие в военных действиях при условии, что при первой возможности они вернутся к духовному служению. Но уважая единство Константинопольской патриархии, отказал лидерам восстания в просьбе поставить епископов на упразднённые кафедры Печской патриархии на освобождённых от османов территориях. После подавления восстания (1813 г.) защищал бежавших сербов от экстрадиции, поддерживал контакты с князем Милошем Обреновичем, возглавившим второе Сербское восстание (1815 г.), которое закончилось созданием автономного княжества Сербия. В 1829 г. митрополит добился перевода Далматинской епархии, которую епископ Венедикт (Кралевич) покинул после вхождения Далмации в Австрийскую империю (1815 г.), из юрисдикции Константинопольской патриархии в Карловацкую митрополию; при этом далматинские епископы могли возглавлять кафедры и выполнять указания митрополита только с одобрения властей. В 1791 г. митрополит Стефан (Стратимирович) основал гимназию в Сремски-Карловци, а в 1794 г. – Карловацкую богословию (семинарию), где учились православные юноши из Габсбургской империи, с османских земель, впоследствии из освобождённой Сербии, а также греки с Ионических островов.