При подавлении этого восстания турки казнили епископа Темишварского Феодора (Тивадаровича), а 27 апреля 1594 г. на холме Врачар в Белграде сожгли мощи Саввы I Сербского. После восстановления автокефалии (1557 г.) Печская патриархия установила связи с епархиями на территории Южной Венгрии. В османском дефтере «Митрополии и епископии в Румелии и Анатолии» (1641–1655 гг.) указаны 13 епархий (большинство в ранге митрополий) Печской патриархии, располагавшихся на землях севернее рек Сава и Дунай, до османского завоевания принадлежавших Венгрии: в том числе кафедры в Белграде, в Сегедине (Сегеде), в Солноке (Сольноке), в Будиме (Буде), в Коморане (Комароме), в Темишваре (Темешваре, ныне Тимишоара, Румыния), во Вршаце, в Панчеве и в Пожеге. Исламское право запрещало строительство, но допускало ремонт немусульманских храмов, поэтому в XVI–XVII вв. были восстановлены многие сербские храмы и монастыри, в том числе духовные центры Крушедол и Хопово: в первом была резиденция митрополита Венгерского, во втором – резиденция его викария, епископа Сремского. Учреждению Карловацкой митрополии способствовали как многочисленность православного населения в Паннонии и действовавшие здесь православные епархии, так и активная османская экспансия. Поражение габсбургских сил близ Качаника (2 января 1690 г.) и подавление сербского антиосманского восстания, поднятого по призыву Печского патриарха Арсения III (Черноевича), стали причиной так называемого великого переселения сербов, когда 90 тыс. человек во главе с патриархом перешли с османских территорий на габсбургские. Уже в 1691 г. Константинопольская патриархия по желанию османских властей поставила Каллиника I и новых иерархов вместо патриарха Арсения III и ушедших с ним епископов, и ко времени заключения между Габсбургской и Османской империями Карловацкого мира (1699 г.) Печская патриархия уже не была канонически единой, потому что Арсений III продолжал именоваться патриархом и исполнять его функции, а нового патриарха не признавали не только оказавшиеся на габсбургской территории епископы, но и часть архиереев, оставшихся на османских землях. Разделению патриархии способствовали политические обстоятельства: в сложившихся условиях патриарший центр в Печском монастыре мог контролировать лишь епархии, расположенные на землях под османской властью, а Вена не хотела, чтобы её православными подданными управляли с территории враждебного государства. После смерти патриарха Арсения III (27 октября 1706 г.) среди сербских епископов-переселенцев не было согласия о церковном устроении епархий в Габсбургской монархии (согласно диптиху Иерусалимского патриарха Досифея II Нотары, приведённому в «Истории Иерусалимских патриархов», их в этот период было семь, в том числе епископы Енополя, Будима, Липовы, Сремски-Карловци, Срема и Бачки. Группа архиереев во главе с епископом Исаией (Джаковичем) выступала за основание самостоятельной церкви, а сторонники епископа Стефана Метохийца настаивали на сохранении единства с Печской патриархией.