В результате компромисса, достигнутого на Соборе духовенства и мирян в монастыре Крушедол в начале января 1708 г., была учреждена автономная Крушедольская митрополия, поддерживающая канонические связи с Патриаршим престолом в Пече, которую возглавил епископ Исаия, а епископ Стефан отказался от выдвижения своей кандидатуры в митрополиты. Церковное разделение между новой митрополией и Печской патриархией было преодолено 18 мая 1710 г. благодаря грамоте Печского патриарха Каллиника I, данной Крушедольскому митрополиту Софронию (Подгоричанину) и подтвердившей автономию его митрополии. Название Карловацкая митрополия получила после Австро-турецкой войны 1716–1718 гг., когда резиденция митрополита была перенесена из разрушенного турками монастыря Крушедол в город Сремски-Карловци. Габсбургские власти регулировали отношения с сербскими переселенцами путём предоставления им через патриарха привилегий за исполнение различных обязанностей. Поэтому в начальный период Карловацкая митрополия являлась не только религиозной, но и главной светской институцией сербов в Габсбургской монархии. Митрополиты представляли интересы сербов в государственных сферах и следили за соблюдением дарованных им привилегий, при этом влияние митрополитов распространялось на часть земель Османской империи, т.к. они оказывали щедрую финансовую помощь Печской патриархии. Привилегии, с помощью которых император регулировал права сербов, не были новым явлением монархического правления: 5 октября 1630 г. были изданы «Statuta Valachorum» («Валашские статуты» – название отражало не народность, а занятие скотоводством), определявшие обязанности славянских переселенцев, охраняющих границы в Славонии, в Карловацком и Вараждинском генералитетах. Сразу после переселения, 6 апреля 1690 г., была издана и вручена патриарху Арсению III «Invitatoria» («Приглашение»), которая призывала сербов встать на защиту Габсбургской империи и давала за это право свободного исповедания православия. Характер двух указов о привилегиях, дарованных в 1690 г., и по одному в 1691 и 1695 гг. отражал военные нужды империи и степень участия сербов в её военных кампаниях. Так, после австрийской победы в битве под Сланкаменом (1691 г.), одержанной благодаря сербскому отряду Йована Монастерлии, привилегия, данная 21 августа 1691 г., закрепила за патриархом часть светских полномочий над его паствой. Привилегия от 4 марта 1695 г. утвердила структуру епархий. Сербские привилегии неоднократно подтверждались: 7 августа 1706 г. – императором Иосифом I, 8 октября 1713 г. – императором Карлом VI, в Защитном дипломе (10 апреля 1735 г.) и 26 апреля 1743 г. – императрицей Марией Терезией. Но постепенно эти привилегии утрачивали силу либо отменялись, что ухудшало положение сербов и способствовало навязыванию им унии. Карловацкая митрополия вела широкую просветительскую деятельность, поддерживала высокий уровень церковных школ, которые признавались наравне с другими школами в империи; благодаря этой деятельности сербы могли противостоять ассимиляции и сохранить свою религиозную и национальную идентичность.