Митрополит Викентий (Йованович) умер в начале Австро-османской войны 1737–1739 гг., в результате которой Габсбургская монархия потеряла всю Сербию с Белградом. Это поражение спровоцировало переселение с земель, вновь оказавшихся под властью османов, сербов во главе с Печским  патриархом Арсением IV (Йовановичем-Шакабентой), за которым габсбургские власти признали патриаршее достоинство и право на Карловацкую кафедру. В ответ на просьбу Сербского Церковно-Народного собора (1744 г.) распространить привилегии на всех сербов, проживавших в Венгрии, снять десятипроцентный налог на церковное имущество, назначить двух министров по сербским вопросам, разрешить строительство храмов и монастырей и запретить в армии дискриминацию православных солдат-сербов по религиозному признаку в 1745 г. в Вене была учреждена Иллирийская придворная комиссия (с 1747 г. – Иллирийская придворная депутация), которая была призвана защищать права сербов, но практически эти задачи не выполняла. При митрополите Павел (Ненадовиче; 1749–1768 гг.) был окончательно решён вопрос о предоставлении Карловацкой митрополии автокефалии, которую de jure она получила после упразднения в 1766 г. Печской патриархии, и произошло переселение части сербских граничарских отрядов во главе с командирами И. Хорватом, И. Шевичем и Р. Прерадовичем в Россию, где в 1753 г. императрица Елизавета Петровна предоставила им земли с условием несения пограничной службы. Это переселение было вызвано сокращением числа пограничных поселений и навязыванием сербам унии. Императрица Мария Терезия запретила сербам переселяться в Россию, а православным иерархам препятствовать распространению унии. Навязывание унии продолжалось и несмотря на изданный во время Семилетней войны (1756–1763 гг.) императорский рескрипт, который ради лояльности сербских граничар запрещал принуждать их к её принятию. 16 сентября 1760 г. был издан декрет, предписывающий проводить заседания Синода только в присутствии императорского комиссара. Несмотря на ограниченные возможности, митрополит Павел (Ненадович) открыл школу для священников в Плашки и богословскую так называемую Покровско-Богородичную школу в Сремски-Карловци (хотя последняя закрылась после его смерти, она стала первым в Карловацкой митрополии училищем, дававшим систематическое богословское образование). Главной задачей митрополитов Иоанна (Джорджевича; 1769–1773 гг.) и Викентия (Йовановича-Видака; 1774–1780 гг.) было противостояние властям, которые стремились усилить контроль над жизнью не только православной, но и католической церкви. В ответ на принятую на Церковно-Народном соборе 1769 г. «Общенародную жалобу» императрица Мария Терезия издала в 1770 г. регламент с 75 статьями, согласно которым Карловацкий митрополит стал только церковным главой, а решение светских вопросов сербов передавалось в ведение государственных органов. Регламент ограничил доходы клира, сократил число церковных праздников, но разрешил открыть училище для подготовки священников и типографию с целью ослабить среди сербов русское влияние. В ответ на недовольство сербов в 1777 г. был издан второй регламент, но фактически он не отличался от первого. В тот же год была закрыта Иллирийская депутация и изданы «Монашеские правила», согласно которым монастыри должны были сами себя содержать, а избранные настоятели – получать одобрение императрицы.