Триденстский собор (1545–1563 гг.) в числе прочих мер по восстановлению дисциплины в каноникатах придал общецерковный характер возникшей ещё в XII в. практике ежедневных денежных раздач каноникам кафедральных и коллегиальных церквей. Был увеличен размер этих раздач в совокупности до трети положенного каноникам дохода. Эти раздачи стали рассматривать как вознаграждение, призванное стимулировать присутствие каноников в хоре и участие в богослужениях. Не менее половины капитула должны были составлять священники, и, по крайней мере, половина каноников должна была иметь степень магистра, доктора или лиценциата богословия или канонического права. В XVI–XIX вв. окончательно сложилась система каноников в Римско-католической церкви, насчитывавшая более 15 типов, которые различались, главным образом, по форме пользования пребендой. Так, «ожидающий» каноник имел полные права на участие в заседаниях капитула, но не получал содержания и должен был занять первую же освободившуюся пребенду. Каноник-коадъютор имел те же права, что и «ожидающий» каноник, но мог унаследовать пребенду только того каноникама, коадъютором которого он являлся. Каноник ad effectum назначался папой Римским, но не получал содержания от капитула. «Привилегированный» каноник имел пребенду, но был освобождён от обязанностей участвовать в богослужениях и проживать в определённом для членов капитула месте. Существовали каноники, получавшие уменьшенное содержание (соответственно каноник-«полупребендарий» и каноник-«терциарий» – по той части бенефиция, которой они владели). Различия проводились также по статусу каноников в капитуле. «Домашний» каноник (или каноник in minoribus) получал достоинство каноника в юном возрасте и не был рукоположён, а имел только тонзуру или посвящение в младшие чины, не обладал правом голоса в капитуле. Иногда упоминалось о «внешнем» канонике: так называлась организация или объединение (например, город или цеховое объединение), от имени которых обязанности в капитуле выполнял назначенный викарий. Члены капитула, становившиеся канониками в силу того, что занимали ту или иную должность, назывались «наследственными», «почётными» канониками или канониками-мирянами. Каноники, обладавшие приоритетом чести над другими членами капитула, именовались протоканониками. Прикреплённый к филиальному храму собора или коллегиальной церкви каноник назывался «дополнительным». Различались каноники de stallo и de terra (соответственно имевшие места в верхнем или в нижнем рядах в хоре). Отдельную группу образовывали каноники, обладавшие какими-либо необычными привилегиями. Так, к «митрофорным» каноникам относились члены некоторых капитулов, получившие от папы Римского право на ношение митры. Каноник, состоявший в капитуле больше 50 лет, получал почётное звание каноника-юбиляра. В редких случаях канониками становились посмертно, такой каноник получал титул ad sucurrendum и регулярно поминался капитулом во время заупокойных богослужений. Прошедшая в XIX в. во многих европейских странах секуляризация церковных владений привела к упразднению большинства коллегиатов и преобразованию их в обычные приходские церкви, хотя их настоятели какое-то время продолжали называться препозитами (пробстами), а приходские викарии – канониками.