Взаимоотношения каноников и монахов не всегда были однозначными. В X в. «реформа» той или иной общины часто заключалась в изгнании каноников и замене их монахами. Жизнь каноников подвергалась жёсткой критике со стороны монахов. Вплоть до XII в. термин «каноники» использовался, в основном, для того, чтобы подчеркнуть канонический уклад жизни соборного духовенства; в остальных случаях его членов называли просто «клириками», «братией» или в отдельности по сану (аколит, субдиакон, пресвитер) и должности (декан, кустодий, схоластик). «Каноническая жизнь» духовенства была одним из главных требований церковных реформаторов второй половины XI в. Расширение церковной реформы способствовало зарождению движения за обновление канониката в разных частях Европы, что вскоре привело к образованию конгрегаций регулярных каноников (августинцы, латеранские каноники, премонстранты и проч.). Однако многие каноники продолжали придерживаться секулярной формы жизни (с XII в. назывались «секулярными канониками»), что вызывало резкую критику сторонников реформы церкви. Один из лидеров духовенства, который поддерживал церковные реформы, аскет и проповедник Пётр Дамиани, в послании клирикам соборной церкви города Фано (Италия) призвал их оставить приватный образ жизни и «ненавистное владение собственностью» и жить по уставу в общей обители; в противном случае они, по его словам, лишь притворяются клириками, на деле не отличаясь от мирян (laici, saeculares) и беглых монахов. Латеранские синоды 1059 и 1063 гг. предписывали клирикам питаться за общим столом, спать в общей спальне и сообща пользоваться церковным имуществом. Позднее Пётр Дамиани, к тому времени ставший кардиналом, критиковал Ахенский устав 816–817 гг., называя «абсурдом» и «вздором» содержащееся в нём разрешение каноникам владеть личным имуществом. Среди секулярных каноников институт vita communis постепенно пришёл в упадок. Средства на содержание каноников были поделены на индивидуальные порции (пребенды), как правило, неодинаковые. Бенефиций в форме пребенды стал основой канониката, в то время как богослужебные обязанности, часто передававшиеся викариям, отошли на второй план. Капитул каноников превратился в корпорацию, автономно принимавшую статуты, управлявшую имуществом, назначавшую должностных лиц и т.п., и начал играть важную роль в управлении диоцезом, особенно в периоды вакации епископской кафедры. Согласно декреталиям Римских пап Александра III, Целестина III и Иннокентия III, которые вошли в сборник декреталий XIII в. «Liber extra», епископы не могли действовать без совета и согласия капитула при отчуждении или обременении церковных имуществ, при упразднении, разделении, соединении и инкорпорации бенефициев, при введении новых церковных налогов или обязательного для всего епископства праздника. Во многих областях Европы избрание епископа также стало прерогативой капитула. С XII в. общины каноников основывались и при церквах, не имевших статус кафедральных. Такие церкви с корпоративно организованным клиром именовались «коллегиальная церковь», «коллегиата» («ecclesia collegialis», «ecclesia collegiata»). В Германии они наряду с кафедральными церквами традиционно назывались «соборами» (нем. Dom).