Многие монахини похоронены на Арском кладбище Казани, в том числе Магдалина (Филиппова; ум. в 1965 г.), Ангелина (Трофимова; ум. в 1967 г.). В 1940 г. были снесены Богородицкий собор и колокольня. В 1941–1942 гг. на месте обретения Казанской иконы, снесённого собора и некрополя, а также в помещении Никольской церкви была размещена табачная фабрика. К 2008 г. строения фабрики, действовавшей до 2004 г., были снесены, а на месте обретения иконы возведена символическая часовня (2008 г.). Настоятельский и Никольский корпуса были заняты коммунальными квартирами, во второй половине 1990 гг. жители выселены в соответствии с республиканской программой ликвидации трущоб. В перестроенном здании церковноприходской школы находятся государственыне учреждения. На месте бывшего хозяйственного двора в 1960 гг. было построено два жилых пятиэтажных дома. С начала 1930 гг. корпуса с Крестовоздвиженской церковью и Софийский храм были переоборудованы под общежитие студентов педагогического техникума (с конца 1930 гг. – Казанского педагогического института; впоследствии педагогического университета), в 1986 г. в корпусе разместился факультет русской филологии института. В 1993 г. Софийская церковь была возвращена верующим и с 1994 г. действовала как приходская. Частично сохранились ограда, юго-западная башня, южные ворота. С 2000 г. возобновились крестные ходы на место обретения иконы 21 июля и 4 ноября. Возрождение Казанского монастыря связано с передачей в Казань чтимого Ватиканского списка Казанской иконы Божьей Матери. В 2004–2005 гг. за счёт государственного бюджета были отреставрированы Крестовоздвиженская церковь и часть монастырского корпуса. Корпус представляет собой симметричное прямоугольное в плане здание, церковь находится в подкупольной части верхнего этажа. 21 июля 2005 г. Патриарх Московский и всея Руси Алексий II в Крестовоздвиженском храме торжественно передал епархии так называемый Ватиканский список Казанской иконы. Уже с 2005 г. при Крестовоздвиженском храме действовала мужская монашеская община, решением Священного Синода от 27 декабря 2007 г. Казанский монастырь был официально возобновлён как мужской. К 2012 г. в обители проживало восемь человек, наместник игумен Питирим (Рыбанин). Монастырю переданы настоятельский и Никольский корпуса, здания гостиницы и просфорной, а также территория бывшей табачной фабрики.