В каменную ограду монастыря вошла и Софийская надвратная церковь (около 1700 г.) – одноглавая, с небольшим бесстолпным интерьером, пластичными наличниками окон в стиле московского барокко середины XVII в. В XIX в. с южной стороны собора был возведён новый каменный двухэтажный Крестовоздвиженский корпус, в котором разместились мастерские и больница. Большой корпус с отдельной домовой церковью был освящён около 1882–1887 гг., при Казанском архиепископе Палладии (Раеве). Домовая церковь выделялась низким обширным куполом (ныне церковь во имя святой Софии), центр фасада с входом обозначен колоннами, образующими портик. Его скромный декор и достаточно грузный облик должны были уравновешивать церковь Николая Чудотворца (Николы Тульского) на северной стороне ансамбля и собор. К 2012 г. это было единственное сохранившееся здание на территории монастыря. Келейные и хозяйственные помещения Казанского монастыря неоднократно перестраивались. В начале XIX в. архитектор Яков Михайлович Шелковников разработал проект расположения новых жилых и хозяйственных построек монастыря. Корпуса полукругом охватывали собор, но они окружали таким образом и место чудесного обретения иконы. Проект предусматривал строительство ещё двух таких же корпусов, и тогда получился бы разомкнутый в нескольких местах круг, но половина проекта не была осуществлена. В 1803–1807 гг. в Казанском монастыре был выстроен двухэтажный корпус (выходил фасадом на улицу Большая Красная), в 1816 г. – корпус, примыкавший к Софийской церкви. В соответствии с проектом Я.М. Шелковникова 1808 г. были построены два корпуса, полукругом охватывавшие собор: двухэтажный настоятельский (1810–1832 гг.) и Никольский (1832–1843 гг.), но руководивший строительством архитектор Фома Иванович Петонди внёс в проект существенные изменения. Корпус церковноприходской школы и золотошвейной мастерской (1895–1896 гг.) построен по проекту Фёдора Николаевича Малиновского во дворе, справа от Никольского корпуса. В Казанском монастыре существовало ещё четыре небольших корпуса (конца XVIII – конца XIX вв.) – просфорная, баня, гостиница, сестринские кельи. За колокольней, в западной части Казанского монастыря, находился хозяйственный двор с конюшнями, коровником и др., отделённый от парадной части обители высоким забором. Последнее крупное строительство в Казанском монастыре происходило по инициативе великой княгини Елизаветы Фёдоровны. 13 июля 1910 г. она пожелала увидеть место чудесного обретения иконы – подвальное помещение собора, недоступное паломникам. Великая княгиня предложила устроить здесь подземный (пещерный) храм и, получив согласие архиепископа Казанского и Свияжского Никанора (Каменского), выделила значительную сумму на его устроение.