10 октября французская армия заняла Боровск, Пафнутиев монастырь был разграблен, многие здания сожжены. 12 октября в ходе Малоярославецкой битвы город много раз переходил из рук в руки. Во время одной из атак французы заняли Малоярославец и укрылись за оградой Черноостровского монастыря. Русские войска нанесли ответный удар и выбили неприятеля из обители. Недавно выстроенные монастырские каменные св. ворота оказались в центре перестрелки и были изрешечены пулями, но изображённый на фронтоне Нерукотворный образ Спасителя остался нетронутым (впоследствии по указу императора Николая I изображение Спасителя со следами пуль вокруг лика было сохранено в неприкосновенности). После изгнания неприятеля из пределов Калужской губернии в благодарность за спасение Калуги 12 октября было установлено ежегодное празднование Калужской иконе Божьей Матери, в тот же день совершался крестный ход вокруг города с образом и с хоругвью Калужского ополчения. Кроме того, с чудотворной иконой крестный ход вокруг Калуги совершался 2 сентября в память об избавлении от чумы в 1771 г. и 18 июля в память о спасении от холеры в 1892–1894 гг. В Троицкий собор в Калуге были переданы для хранения 11 знамён Калужского ополчения, а также знамя Азовского пехотного полка, спасённое во время Аустерлицкого сражения 1805 г. калужанином унтер-офицером Семёном Артамоновичем (Артемьевичем) Старичковым. Из других епархий присылались богослужебные книги и утварь для пострадавших храмов. Святейший Синод выделил средства на восстановление Боровского и Малоярославецкого монастырей, были пожертвования от императора Александра I, от некоторых участников Отечественной войны и др. В Малоярославецком монастыре в память о войне был возведён пятиглавый Никольский собор (освящён в день годовщины Бородинской битвы – 26 августа 1843 г.). При епископе Филарете (Амфитеатрове; 1819–1825 гг.) в Калужской и Боровской епархии было построено 25 каменных храмов, в Калуге сооружён под надзором архиерея и освящён тюремный храм во имя святителя Николая. Известный проповедник и ревнитель монашества, епископ Филарет обращал особое внимание на устройство монастырей. При Оптиной пустыни его стараниями был основан скит Иоанна Предтечи, для устройства которого в 1820 г. пригласил отшельников из Рославльских лесов (см. Рославльские подвижники), среди них были преподобные Моисей и Антоний (Путиловы). Епископ Филарет утвердил в Оптиной пустыни общежительный устав Коневского в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыря. Были приняты также строгие правила для монашествующих Калужского архиерейского дома. В 1823 г. в Калуге был построен единоверческий храм в честь Сошествия Святого Духа на апостолов. Особое покровительство единоверию оказывал Калужский епископ Григорий (Постников; 1826–1828 гг.), который учредил в епархии благочиние для сторонников единоверия – одно из первых в России. Григорий (Митькевич; 1851–1881 гг.) пребывал на Калужской кафедре 30 лет, дольше других епископов, и стал единственным местным архиереем до 1917 г., который был возведён в сан архиепископа (1869 г.). Его заботами в 1862 г. начали издаваться «Калужские епархиальные ведомости» (в 1907–1918 гг. вместо них выходил «Калужский церковно-общественный вестник»), в 1870 г. было основано Калужское отделение Православного миссионерского общества.