В это здание, в основном, перестроенное, он перевёл в 1800 г. консисторию и духовную семинарию. Позже к зданию семинарии было пристроено три новых корпуса. Здесь расположилась зимняя резиденция Калужских архиереев, и были оборудованы семинарский храм во имя апостола Иоанна Богослова и Никольский собор. При епископе Феофилакте был значительно повышен уровень учебной подготовки в семинарии, началось преподавание философии, богословия, риторики, поэзии, математики, а также древнегреческого, немецкого и французского языков. Стали возрождаться монастыри епархии. В 1800 г. был возобновлён упразднённый в 1775 г. малоярославецкий Черноостровский во имя святителя Николя Чудотворца монастырь. В 1800–1900 гг. все настоятели обители в своё время были насельниками Оптиной пустыни; впоследствии во многих монастырях епархии (в Тихоновской Калужской в честь Успения Пресвятой Богородицы пустыни, мещовском во имя великомученика Георгия, Троицком Лютиковом, Покровском Добром) сложилась традиция выбирать настоятелей из насельников Оптиной пустыни. Иеромонах Серафим (Кузнецов) приводил Калужскую и Боровскую епархию как пример епархии, «где Преосвященные заботились о замещении настоятельских мест монахами по призванию, там монашество поднялось очень быстро не только в нравственном, но и в экономическом отношении». По ходатайству епископа Феофилакта в 1801 г. Святейший Синод открыл в Калуге первый единоверческий храм. В 1818 г. в городе было закончено строительство Свято-Троицкого кафедрального собора с колокольней (архитектор И.Д. Ясныгин), иконостас был создан по проекту Матвея Фёдоровича Казакова, освящение состоялось 10 апреля 1819 г. К собору в 1859 г. был пристроен северный придел в честь Тихвинской иконы Божьей Матери, в 1860 г. – южный придел в честь Калужской иконы Божьей Матери. В 1810 гг. в епархии открылось несколько духовных училищ: Боровское (1810 г., существовало до 1867 г.), Калужское (отделено от семинарии в 1814 г.) и Мещовское (1813 г., до 1816 г. находилось в Калуге). Калужская земля сильно пострадала во время Отечественной войны 1812 г., т.к. после опустошения Москвы армия Наполеона двинулась на Калугу, и только благодаря стойкости русской армии и Калужского ополчения в сражениях в селе Тарутине и под Малоярославцем Наполеон был вынужден отступить. Все невзгоды военного времени делил с паствой епископ Евлампий (Введенский; 1809–1813 гг.), который организовал сбор денег среди духовенства на нужды Калужского ополчения, напутствовал ополченцев перед отправкой на войну. По благословению епископа в ополчение поступили многие семинаристы. В сентябре 1812 г. жители Калуги и некоторых других городов епархии, опасаясь прихода французов, спешно уезжали. В Калуге были закрыты присутственные места, все документы консистории, ценная церковная утварь вывезены в Орёл. Туда же были эвакуированы и калужские учебные заведения. Епископ Евлампий находился в Калуге до тех пор, пока неприятель был на Калужской земле. В это время храмы города были открыты круглосуточно, богослужения не прекращались. В Калугу из села Калужка была перенесена чудотворная Калужская икона Божьей Матери, и каждый день калужане крестным ходом обносили её вокруг города.