Любой ценой Адам Вейсгаупт хотел сохранить существование Ордена в секрете от розенкрейцеров, которые уже имели значительную опору в немецком масонстве. Хотя розенкрейцеры были явно протестантами, они не были антиклерикалами, были промонархически настроенными и придерживались взглядов, явно противоречащих видению иллюминатов рационалистического государства, управляемого философами и учёными. Розенкрейцеры были не прочь продвигать свою собственную разновидность мистицизма с помощью мошеннических сеансов. Конфликт стал неизбежным, поскольку существование иллюминатов стало более очевидным, и видные розенкрейцеры и мистики с розенкрейцерскими симпатиями были активно наняты Адольфом Книгге и другими излишне восторженными помощниками. Коловрат уже был высокопоставленным розенкрейцером, а мистический принц Чарльз Гессен-Кассельский был очень низкого мнения о рационалистах высших рангов иллюминатов. Прусские розенкрейцеры под командованием Иоганна Кристофа фон Вёльнера начали продолжительную атаку на иллюминатов. У Иоганна Кристофа фон Веллнера была специально спроектированная комната, в которой он убеждал потенциальных покровителей в эффективности розенкрейцерской «магии», и его Орден получил эффективный контроль над ложей «Трёх глобусов» и прилегающими к нему ложами. Через этот рупор иллюминатов обвиняли в атеизме и революционных тенденциях. В апреле 1783 г.  Фридрих Великий сообщил Карлу Гессенскому, что в берлинских ложах есть документы, принадлежащие Минервалам или Иллюминатам, которые содержат ужасающие материалы, и спросил, слышал ли он о них. Все берлинские масоны были предупреждены против Ордена, который теперь обвинялся в социнианизме и в использовании либеральных сочинений Вольтера и других, наряду с терпимостью масонства, для подрыва всей религии. В ноябре 1783 г. ложа «Три глобуса» описали иллюминатов как масонскую секту, которая стремилась подорвать христианство и превратить масонство в политическую систему. Их последняя анафема, состоявшаяся в ноябре 1784 г., отказалась признавать каких-либо иллюминатов масонами. В Австрии иллюминатов обвиняли в недавно появившихся антирелигиозных брошюрах. Розенкрейцеры шпионили за Джозефом фон Зонненфельсом и другими подозреваемыми иллюминатами, и их кампания по разоблачению в масонстве полностью остановила вербовку иллюминатов в Тироле. Баварские иллюминаты, о существовании которых розенкрейцеры уже знали от информатора, были преданы безрассудными действиями Фердинанда Марии Баадера, ареопагита, который теперь присоединился к розенкрейцерам. Вскоре после того, как он был принят, его начальству стало известно, что он был одним из иллюминатов, и ему сообщили, что он не может быть членом обеих организаций. В его заявлении об отставке говорилось, что розенкрейцеры не обладали секретными знаниями и игнорировали истинно Просветлённых, в частности, идентифицируя Ложу Теодора как Ложу Иллюминатов. Когда иллюминаты приняли масонство и расширились за пределы Баварии, совет ареопагитов был заменён неэффективным «Советом провинциалов». Однако ареопагиты оставались влиятельными голосами внутри Ордена и снова начали ссориться с Адамом Вейсгауптом, как только Адольф Книгге покинул Мюнхен. Адам Вейсгаупт ответил, что в частном порядке клеветал на своих предполагаемых врагов в письмах своим предполагаемым друзьям.