В алтарной части храма обнаружен известняковый саркофаг (2х0,7 м), в котором была захоронена женщина примерно 55 лет. Под саркофагом были найдены остатки гвоздей и крепежей, предположительно свидетельствующие о наличии более ранних захоронений. По мнению исследователей, погребение относится ко времени до строительства базилики. Его расположение в алтаре указывает на почитание погребённой. Таким образом, исследователи считают храм большим базиликальным мартирием, который был построен на месте погребения некой знатной дамы или святой в соответствии с распространёнными обычаями ранневизантийской эпохи. Исследователи полагают, что здесь был распространён культ местной святой, сведения о которой утрачены. Почитание её поддерживалось, пока существовал храм. При настилке нового пола мраморные плиты, покрывавшие саркофаг, были тщательно вмонтированы в пол; две более поздние стенки отделяли саркофаг от пола, подчёркивая особый характер места. Юго-западная базилика (возможно, бывшая синагога; вторая половина V в.?) открыта И. Иланом в 1960 гг., в 2000 гг. исследована М. Хайнильманом (Германский протестантский институт, Иерусалим). Расположена в западной части города. Здесь находился основной жилой район со множеством инсул, в одну из которых и был выстроен храм. Уже И. Илан предположил, что постройка могла быть синагогой. В 2005 г. при раскопках базилики была обнаружена перекладина дверного проёма с типичным для позднеантичных синагог украшением в виде венка аканфа, поддерживаемого фигурами орлов. В ходе дальнейших работ памятник был окончательно идентифицирован как христианская базилика, в которой в качестве сполий были использованы остатки синагоги и других построек. В 2007 г. под мозаичным полом базилики были обнаружены остатки утрамбованного и покрытого белой штукатуркой пола более ранней неизвестной постройки. Исследователи не исключают, что базилика всё же была возведена на месте синагоги (подобный случай известен исследователям в Герасе). Это было трёхнефное здание с выступающей апсидой (её диаметр 2,4 м), нартексом или атриумом с западной стороны. В храм вели три входа. Базилика очень похожа на северо-восточный храм по планировке, размерам наоса, профилировке баз колонн, в которых диаметр верхнего и нижнего торуса совпадает по формам ионических капителий. По сравнению с другими постройками юго-западная базилика уравновешена в пропорциях, уровень строительной техники выше, квадры базальта обработаны лучше. Алтарное пространство меньше, чем в остальных храмах Иппоса. Алтарная преграда состояла из двух плит, установленных на стилобат между двумя восточными колоннами наоса. На одной из них частично сохранилось изображение двух агнцев, предстоящих кресту. Орнаментальный мозаичный пол покрывал весь храм. С северной стороны от вимы на нём выложены фигуры двух рыб (аналогичные известны исследователям в храме в Табге; 480 гг.). Также внутри алтаря исследователи обнаружили реликварий из розоватого мрамора, повторяющий тот, что найден в северо-западной базилике. В результате пожара, задолго до землетрясения VIII в., крыша храма рухнула, и постройка перестала использоваться. При всех различиях качества и размеров базилики Иппоса дополняют друг друга. По многим параметрам они близки к храмам в других городах Декаполиса (Пелла, Авила, Гераса, Гадара). Их стиль представляет собой эклектичную смесь восточных и эллинистических архитектурных особенностей. В греко-римский и в византийский периоды Иппос значительно уступал другим городам Декаполиса по богатству построек.