В центральной апсиде баптистерия располагается круглая оштукатуренная крестильная купель. Кладка стен храма высокого качества в отличие от других храмов в Иппосе. Стены сложены из хорошо обработанных квадров базальта с вкраплениями мраморных пластин между ними для выравнивания горизонтальных линий рядов. Колонны храма и баптистерия сделаны либо из мрамора, либо из гранита. Многие стволы колонн украшают каннелюры, начинающиеся от половины их высоты. Формы стволов, коринфских капителей, профилированных баз указывают на их римское происхождение. Для строительства храма из различных регионов империи были привезены в Иппос серый и красный гранит (порфир) из окрестностей Асуана (Египет), голубой и зелёный мрамор из рудников близ города Асс в Карии (Малая Азия). На одной из колонн заметны углубления для гвоздиков, поддерживавших крест-энколпион. Мощение и украшение полов также отличается изысканностью. Боковые нефы базилики выложены кусочками мрамора и известняка белых, серых и голубых оттенков в римской технике opus sectile (во всей Палестине исследователям известно всего три примера такой облицовки в византийских храмах). Остальная поверхность полов в базилике и баптистерии, включая боковые галереи атриума, украшена мозаичным орнаментом. Центральная часть атриума на высоком техническом уровне вымощена параллельными рядами базальтовых камней. Стены храма могли быть облицованы мрамором, на что указывает большое число медных зажимов для фиксации мраморных панелей, обнаруженных на стене апсиды. Это также отличает юго-восточную базилику от остальных храмов Иппоса, в которых мраморная облицовка имитировалась штукатуркой с декоративной росписью. Одна из плит алтарной преграды была найдена К. Эпстайн в 1950 гг. расколотой. Её декор можно представить только из краткого описания. Плиту украшало рельефное изображение входа в общественное здание, с архитрава которого свисал круглый объект. Учёный предположил, что это была корзина в память о чуде Умножения хлебов и рыб, хотя, возможно, композиция рельефа повторяла традиционное изображение Кувуклии с лампадой (примеры широко известны исследователям по ампулам из Монцы и из нескольких сирийских мозаик). Над изображением начертана надпись на греческом: «Во времена Прокопия Пресвитера». С обратной стороны плита была украшена большим рельефным дельфином, которого, по мнению исследователей, рука христианского мастера пыталась уничтожить. Этот факт заставляет предположить греко-римское происхождение детали, вторично использованной в византийское время. Пол баптистерия был покрыт цветной мозаикой с различными геометрическими изображениями. На нём выложены монограмма Христа (в северной апсиде) и три надписи. В южном нефе посвятительная надпись: «Святые Косма и Дамиан принимают приношение тех, чьи имена известны Богу. Аминь, Господь». Такая надпись может указывать на посвящение всей базилики святым Косме и Дамиану. Надпись в медальоне в центральном нефе сохранилась хуже; читаются лишь несколько слогов, исследователи предполагают, что это была мемориальная надпись о строительстве или украшении баптистерия мозаикой в 591 г. Исследователи не могут считать обоснованным мнение, что этим же временем датируется весь комплекс храма, т.к. уровень пола баптистерия с надписями расположен выше пола основного храма примерно на 0,3 м, что указывает на его более позднее возникновение.