Крыша храма венчалась каменным крестом, который был найден археологами в районе восточного портика атриума. В последующее время произошли изменения, которые расширили функции базилики. Вторая строительная фаза (по мнению исследователей, последней четверти VI в.) отмечена возведением четырёхступенчатого синтрона в главной апсиде. Тогда же центральная вима была значительно выдвинута в пространство главного нефа. В северном нефе была построена небольшая капелла с апсидой, которая полностью перекрыла проход в восточную часть нефа, превращённую в скевофилакион. Северный вход в храм из атриума был заложен. Исследователи полагают, что сохранившийся мозаичный декор в храме также принадлежит этому периоду. В третьей строительной фазе (по мнению исследователей, первая половина VII в.) алтарная преграда была ещё раз расширена и отделила от наоса часть пространства боковых нефов. Её стилобаты из известняка и мраморных сполий римской постройки были положены на мозаичный пол. Восточная часть южного нефа превращена в огороженный мраморной преградой мартирий. При раскопках были обнаружены столбики и две плиты из сероватого мрамора от алтарной преграды (в 2010 г. плиты были разбиты, в настоящее время реставраторы пытаются их восстановить). Вблизи восточной стены поставлен реликварий из красного известняка; на нём – реликварий меньших размеров с мраморной крышкой, в центре которой в небольшом углублении сохранилась бронзовая палочка для помазания св. миром. Над ними располагался престол на четырёх мраморных столбиках. В южной галерее был устроен диаконник и, как полагают исследователи, баптистерий. Они освещались двумя большими поликанделионами с круглыми отверстиями для стеклянных лампад. В западной части южного нефа, по мнению исследователей, изначально была устроена поминальная капелла с сиденьями вдоль стен и обширной криптой (подобная есть в храме в Курси, близ Иппоса). Четвёртый строительный период связан с сильными разрушениями в середине VIII в. В северной капелле продолжали совершать евхаристию даже после того, как весь остальной храм был заброшен, и его материалы местные жители пережигали на известь. Найдены некоторые литургические предметы, в том числе лампа в виде голубя, висевшая над алтарной аркой. В оставшейся от храма капелле были обновлены мозаичные полы и декоративная штукатурка стен. Диаконник использовался как скевофилакион, в котором хранили продукты и вотивные предметы: найдены серпы, ножницы, бронзовый кувшин, масляные лампы, монеты – в основном, эпохи Омейядов. Окончательное запустение, как полагают исследователи, наступило после землетрясения 749 г. По предположениям польских археологов, комплекс северо-западной базилики мог быть городским монастырём. Базилика была построена с использованием известняковых блоков из эллинистических и римских построек в той же технике, в которой, по мнению исследователей, было возведено и прежнее святилище. Колонны наоса опираются на аттические базы, в атриуме – на пьедесталы с имитированной известью профилировкой. Капители представляли собой грубое воспроизведение капителeй ионического ордера с минимальным набором элементов: волюты с простыми глазками, балюстры, стянутые наподобие перевязанных свитков. Капители разнородны и предположительно взяты из нескольких более ранних построек. Также из сполиев сделаны дверные проёмы.