При этом оговаривалось, что христиане приветствуют «новые начала в жизни немецкого народа», возносят молитвы за фюрера и родину. «Немецкие христиане» отказывали Исповеднической церкви в праве говорить от лица всей евангелической церкви и немецкого народа. Так, «немецкие христиане» Вестфалии в Рождественском послании расценили Кафедральное послание как «немыслимое, невыносимое нападение на Третий рейх и его ведущих деятелей». 16 декабря 1936 г. на четвёртом Исповедническом синоде евангелической церкви Старопрусского союза в Бреслау (ныне Вроцлав, Польша) земельный священник доктор Гюнтер Якоб (впоследствии генерал-суперинтендант) в докладе «Церковь или секта» обобщил мысли, высказанные в ходе дискуссии. Доклад, ставший призывом к духовному сопротивлению, был тайно напечатан и распространён по всему рейху. Якоб заявил, что церковь давно имеет дело с антихристианской системой национал-социализма, которая сама себя рассматривает как религию. Поэтому христианские церкви должны ясно и мужественно свидетельствовать о господстве Христа. Якоб выдвигал требование разрешить деятельность свободной, борющейся с помощью христианской проповеди и Откровения христианской церкви. Ситуация в евангелической церкви до конца войны оставалась напряжённой, но такого накала страстей, какой наблюдался в 1933–1936 гг., больше не было. По мнению исследователей, именно это обстоятельство ускорило отставку Цёльнера и роспуск Имперского комитета по делам церкви в 1937 г. Подчинить окончательно Немецкую Евангелическую Церковь нацистскому государству не удалось, хотя официальное руководство евангелической церкви продолжало поддерживать внешнюю и внутреннюю политику Гитлера вплоть до падения фашистского режима. В 1938–1939 гг. земельные церкви приняли клятву верности фюреру, большинство из них одобрили «решение еврейского вопроса» и введение «арийского параграфа» в конституцию. Единодушно одобряли развязанную Гитлером войну. Многие священники из Исповеднической церкви привлекались нацистскими судами за измену родине. Летом 1937 г. был арестован М. Нимёллер. В марте 1938 г. его выпустили, приговорив к штрафу, но на ступенях суда арестовали вновь, и до конца войны он содержался в концлагерях, как личный враг фюрера. В 1943 г. был арестован, а весной 1945 г. казнён за участие в антифашистском Сопротивлении Бонхёффер. В незаконченной «Этике», письмах из тюрьмы он критиковал не только режим, но и позицию христианских церквей, способствовавшую, как он считал, укреплению фашизма. 27 сентября 1938 г. руководство Исповеднической церкви во главе с Ф. Мюллером из Далема опубликовало проект так назывемой Литургии за мир, известной также как «Литургия против войны» (составители священники Альберц и Бём). Во время богослужения должен был быть зачитан антивоенный текст. Литургия была назначена на 30 сентября 1938 г. Она началась с обращения к заповедям и призыва к покаянию, затем звучали слова, обращённые к Богу, о прощении: «Мы признаёмся перед Тобой в грехах нашего народа, в том, что (тайно или явно) клевещут на Твоё имя, на Твоё слово, на Твою правду».