Литургия предупреждала население о несчастьях предстоящей войны, которая рассматривалась как Божий суд и наказание за грехи немецкого народа. О будущей службе солдат говорилось не как о героической деятельности, что было характерно для нацистской пропаганды, а как об испытании для всех немцев. Из-за жесткого давления властей и церковного руководства мало кто осмелился служить литургию. Члены Временного руководства и Братских советов, отслужившие литургию, как, например, Ф. Мюллер, были оштрафованы, освобождены от должности и арестованы. 29 сентября церковный министр Керль потребовал от лютеранских священников осуждения «Литургии против войны». Майзер, Вурм и Мараренс согласились. 18 ноября Лютеранский совет, заседание которого вёл Майзер, хотя и отверг обвинения в адрес Исповеднической церкви в предательстве, всё же заявил о несогласии с действиями этой церкви. Разногласия в церковных кругах вызвало также известие о письме К. Барта из эмиграции в Швейцарии руководителю теологического факультета Карлова университета в Праге профессору Й. Л. Громадке, где К. Барт высказывал надежду на сопротивление чехов вплоть до вооружённого восстания при попытке немцев ввести войска на территорию Чехословакии. Представители временного руководства Исповеднической церкви назвали это письмо политическим по содержанию. Церковная общественность заявила, что К. Барт не имел права высказываться от имени церкви Христа. Нацисты объявили его поступок предательством. По-прежнему евангелическую церковь разъединял еврейский вопрос. Чем ближе было начало войны, тем сильнее увеличивалось в Германии неприятие евреев: в стране горели синагоги, устраивались облавы. В так называемую Хрустальную ночь (с 9-го на 10-е ноября 1938 г.) было убито или отправлено в концлагеря множество евреев. Однако евангелическая общественность, в основном, не отреагировала на еврейские погромы. Церковная иерархия не отрицала права государства защищаться от «сверхвлияния» евреев. В декабре 1938 г. состоялся специально созванный по этому поводу съезд Исповеднической церкви, на котором было подчёркнуто, что милость Божья направлена на всех людей независимо от национальности и расы: «Мы связаны со всеми верующими христианами из евреев через единого Господа, одну веру и одно крещение…, мы не хотим от этого отказываться». Г. Гольвитцер, замещавший в Далеме арестованного М. Нимёллера и возглавлявший Чрезвычайный пасторский союз, в день покаяния 16 ноября 1938 г. говорил о совиновности христиан в происходящих событиях, высказывался в защиту безоружных, призывал общину помогать арестованным евреям и их семьям материально. С декабря 1938 г. Исповедническая церковь организовала так называемое Бюро Г. Грюбера (берлинский священник) с целью спасения евреев, в том числе и полукровок. Бюро действовало в 20 городах, тесно сотрудничало с католическими кругами и просуществовало до 1941 г., когда началась волна массовых арестов. За оказание помощи евреям многие были отправлены в концлагеря и казнены (Ф. Вайслер, П. Шнайдер, В. Зильтен и др.).