Только в 1937 г. осудили около 800 священников и юристов Исповеднической церкви. В это же время по инициативе Исповеднической церкви во Фрайбурге стал работать так называемый теологический рабочий кружок, состоявший из теологов, профессоров истории и др. (Г. Риттер, А. Лампе, К. ф. Дитце, В. Онкен, Бём), с которым тесно сотрудничал Бонхёффер и другие участники антифашистского подполья, в том числе один из лидеров антифашистского заговора 1944 г. – К. Гёрделер. Кружок разрабатывал основы будущего правового и демократического немецкого государства, которое должно учитывать принципы христианской веры и отвергать расовую дискриминацию и нацистские законы. Подобно К. Барту, кружок отстаивал право на сопротивление безбожному государству. Результатом деятельности кружка явился меморандум «Церковь и мир», подготовленный в 1943 г. Несмотря на гонения и аресты, ликвидацию активных членов (так, председатель Временного руководства Ф. Мюллер был отправлен на Восточный фронт и в сентябре 1942 г. погиб), Исповедническая церковь продолжала деятельность во время войны, пытаясь отстаивать христианские принципы. Многих священников, которые не относились к «немецким христианам», отсылали на фронт в качестве солдат. В ноябре 1940 г. вышел указ Имперского управления службы безопасности о том, чтобы считать всех теологов Исповеднического фронта безработными. Представители Исповеднической церкви, по сообщениям гестапо, вели подпольные семинары, посещали семьи (была организована специальная служба для детей), распространяли листовки с поимённым перечислением находившихся в тюрьмах и концлагерях протестантских священников, писали о препятствиях по службе, о запрете речей, выезда за границу. Власти по-прежнему считали Исповедническую церковь врагом государства, который пытается организовать сопротивление нацистскому режиму, посеять смуту среди верующих, «сделать их робкими и неуверенными». Так, Гольвитцер в одной из проповедей в декабре 1939 г. указывал на то, что, по слову Божьему, «наш народ должен быть включён в сообщество народов, что его право не является его единоличным и исключительным правом, а должно быть частью жизненных прав всех живущих на земле». Целью политических действий, подчеркнул пастор, должна являться не борьба, а мир. Божье слово, продолжал Гольвитцер, предостерегает нас от того, чтобы думать будто бы цель оправдывает средства, что отсутствие права хорошо при всех обстоятельствах; кровь невинных «имеет голос, который будет услышан Тем, Кто направляет историю». С начала войны вступила в действие «программа эвтаназии», политики уничтожения обречённых и умственно неполноценных больных. По этому поводу в правительственные инстанции шли протесты представителей разных конфессий. Временное руководство Исповеднической церкви, прусская Исповедническая церковь выступили против этих мер. Старопрусский исповеднический синод в октябре 1943 г. выступил против нарушения десяти заповедей во время войны, против умерщвления людей другой расы.