При этом первая материя также есть нечто общее для многих вещей, поэтому Фома Аквинский уточнял представление о материи как принципе индивидуации, отмечая, что таким принципом является не материя вообще, но «обозначенная» («signata») материя: «Не в любом смысле взятая материя есть принцип индивидуации, но лишь обозначенная материя». Характерным признаком «обозначенной материи» является то, что она имеет количественное измерение: «Я называю обозначенной материей такую материю, которая рассматривается с учётом определённых размеров (sub certis dimensionibus)». Индивидуация человеческой души также объяснялась Фомой Аквинским с помощью материи. Поскольку душа есть форма тела, она является индивидуальной благодаря неразрывной связи с ним. Учение о материи как принципе индивидуации имело следствием вызвавшее большие споры учение Фомы Аквинского том, что в области нематериальных существ (ангелов) всякий индивид одновременно является видом. Учение Фомы Аквинского об индивидуации положило начало влиятельной традиции, среди сторонников которой были Эгидий Римский (ум. в 1316 г.), Пётр Абанский (ум. в 1316 г.), Гервей Наталис (ум. в 1323 г.), кардинал Каэтан (1469–1534 гг.), Иоанн Пуансо (ум. в 1644 г.) и др. Эгидий Римский называл принципом индивидуации «протяжённую материю» («materia extensa»); Пётр Абанский говорил о «материи, существующей в неких обозначенных измерениях»; Гервей Наталис прямо называл количество (quantitas) «принципом индивидуации материальных субстанций». Каэтан разъяснял учение Фомы Аквинского в том смысле, что «обозначенная материя» – конкретная «эта» материя, которая не может быть иной. Количественное различие Каэтан считал не чем-то присоединяющимся к материи извне, но внутренним свойством материи. Другую традицию, менее выраженную и объединяющую в себе несколько различных позиций, исследователи характеризуют стремлением отойти от противопоставления материи и формы. Бонавентура (ум. в 1274 г.), отмечавший, что «вопрос об индивидуации» стал предметом «серьёзных споров для философов», пытался сохранить аристотелевскую позицию с помощью указания на тот факт, что каждое сущее задаётся уникальным сочетанием материи и формы. Поэтому и индивидуация зависит как от материи, так и от формы: «Индивидуация происходит благодаря взаимодействию материи и формы». Однако в вопросе об индивидуации человеческой души он был ближе к томистской позиции: «Надлежит, чтобы в каждом теле была душа как его собственная форма, которая... индивидуализируется в соответствии с индивидуацией тела». Более радикальную антитомистскую позицию занимал Генрих Гентский (ум. в 1293 г.), согласно которому «материя и количество не могут считаться основанием и причиной индивидуации». В качестве такого основания он рассматривал «отрицание» (negatio) как принцип ограничения. Индивидуальность вещи задаётся «двойным отрицанием»: первое отрицание устраняет изнутри вещи всякую способность быть умножаемой (plurificabilitas) и различной (diversitas), второе отрицание устраняет изнутри возможность быть тождественной другой вещи (identitas). При этом предельным основанием любой индивидуальности, согласно Генриху Гентскому, является Божественный творческий акт. Иоанн Дунс Скот (ум. в 1308 г.) после подробного анализа отверг все существовавшие к его времени теории индивидуации, предложив собственное учение об особом принципе индивидуации.