Помимо свитков, содержащих текст литургии, в библиотеке хранятся два свитка с сочинениями другого характера – схолиями Прокла к «Тимею» Платона (исследователи полагают, что свиток принадлежал Фессалоникийскому митрополиту Евстафию) и Житием Иерусалимского патриарха Леонтия. Из 1067 рукописей около 50 лицевых. Наиболее интересна исследователям Книга Иова (IX в.), которая считается древнейшей из иллюминированных манускриптов Восточного Средиземноморья. Миниатюры на стр. 15–60 созданы одновременно с текстом, а со стр. 448 следуют итальянские добавления XI в. (некоторые исследователи считают их также современными основному тексту). Относительно места создания этой рукописи исследователи высказывали различные мнения: от центральной Малой Азии до Рима (Г. Кавалло). Точно известно исследователям только то, что в 957–959 гг. она находилась в Константинополе. Наиболее ранним лицевым кодексом, имеющим точную дату, являются «Гомилии» Григория Богослова, переписанные в 941 г. в Реджо в Калабрии монахом Николаем и Даниилом, его сыном. Первые четыре листа украшены восемью фронтисписами. Начало каждой гомилии отмечено заставкой с изображениями птиц и зверей. Инициалы в рукописи выполнены в виде рыб и в виде благословляющей руки, на последних страницах – антропоморфные. Отдельные элементы декора находят соответствие в западных и арабских рукописях. Другая рукопись, содержащая «Гомилии» Григория Богослова, была создана в середине XI в. и в XII в. подарена севастократором Исааком Комнином, сыном императора Алексея I, лавре Саввы Освященного в Палестине. Кодекс украшен миниатюрой «Сошествие во ад» и П-образными заставками с пышным растительным орнаментом перед каждой гомилией. Принципы иллюминирования рукописей монастыря Иоанна Богослова разнообразны. Евангелия-тетр (вторая половина Х в.; начала XIII в.; начала XIV в.; 1334/1335 г.) и Евангелия-лекционарии (вторая половина XI в.) украшены миниатюрами с изображениями евангелистов и заставками. Евангелие-лекционарий (начало Х в.) помимо заставок и инициалов содержит семь миниатюр: «Исцеление слепого», «Умовение ног», «Моление о чаше», «Апостол Пётр, отсекающий ухо Малху», «Отречение апостола Петра», «Христос перед Пилатом», «Повешение Иуды». В Евангелии-тетр небольшого формата (вторая четверть XII в.) на миниатюре перед началом каждого из Евангелий помещается над портретом евангелиста изображение одного из двунадесятых или великих праздников: над апостолом Матфеем изображено Рождество Христово, над апостолом Марком – Крещение Господне, над апостолом Лукой – Рождество Иоанна Предтечи (начало Евангелия от Иоанна утрачено).