Помещённые в местном ряду русские иконы «Господь Вседержитель» и «Богородица на престоле» написаны в 1702 г., «Апостол Иоанн Богослов» – в 1697 г. Росписи нартекса, покрытые копотью, в настоящее время реставрируются. Иконографическая программа включает сцены «Избиение Вифлеемских младенцев», «Целование Марии и Елисаветы», «Убиение Захарии, отца Иоанна Предтечи», «Поклонение волхвов», «Сон Иосифа», «Бегство в Египет», «Притча о десяти девах», «Страшный Суд». Хадзидакис относил критского живописца, расписавшего нартекс, к кругу художника Ангелоса и датировал фрески временем около 1600 г. М. Василаки, исследовавшая творчество Ангелоса Акотантоса, относит эти фрески к 1430 гг. По мнению И. Коллиаса, кафоликон, нартекс и придел Христодула расписаны одним мастером. Справа в нартексе, при входе в кафоликон, выставлен для поклонения образ апостола Иоанна Богослова, по преданию подаренный императором Алексеем I Комнином. Икона была написана в XII в. (упоминается в описи 1200 г.), поновлена в XV в. (серебряные с позолотой басмы и нимб с орнаментальным эмалевым узором относятся к XI–XII вв., а эмаль, украшающая Евангелие, – к XII в.). Экзонартекс имеет два слоя росписей (XVII и XVIII вв.) с изображением цикла чудес апостола Иоанна Богослова; нижний ряд фресок выполнен в 1891 г. В приделе Пресвятой Богородицы во время ремонтных работ 1957–1963 гг., которые проводились после землетрясения 1956 г., под росписями 1745 г. со сценами Акафиста были обнаружены фрески XII в., отреставрированные в 1964–1965 гг. Ф. Захариу. А. Орландос датировал их 1185–1190 гг., Пападопулос, Хадзидакис и Коллиас – 1176–1180 гг., Д. Мурики – временем после 1185 г., вероятнее около 1200 г. Пападопулос первым высказал предположение, что значительное число изображений Иерусалимских патриархов в храмовой декорации связано с тем, что заказчиком фресок был кафигумен Леонтий, занявший в 1174/1175 (по другим сведениям, в 1176) г. Иерусалимскую кафедру и, вероятно, продолжавший исполнять обязанности настоятеля монастыря Иоанна Богослова до 1180 г. По мнению Д. Мурики, росписи были выполнены кафигуменом Арсением, преемником Леонтия, почитание которого как святого возникло сразу после его смерти, и придел был первоначально посвящён Леонтию Иерусалимскому, а не Пресвятой Богородице. Из-за того что трапезная имеет общую стену с кафоликоном, современная алтарная часть придела, прямоугольная в плане, лишена конхи. Иконографическая программа этой части, отгороженной в настоящее время алтарной преградой начала XVII в., имеет некоторое сходство со святительским чином: фигуры первого Иерусалимского патриарха апостола Иакова, брата Господня, и первомученика Стефана помещены в западной части северной стены. На западной стене изображены Богоматерь с Младенцем на престоле, с предстоящими архангелами, над ней помещена композиция «Гостеприимство Авраама».