Вторая фаза росписей была предпринята после реконструкции трапезной в конце XII – начале XIII в. (или в начале XIII в.). Фрески, относящиеся к этой фазе росписей (около 1200 г., согласно Хадзидакису, конца XII в., согласно Коллиасу, первой половины XIII в., согласно Орландосу), находятся на западной стене и части северной стены (на восточной сохранились незначительные фрагменты). На северной стене изображено «Гостеприимство Авраама», на северной части западной стены – «Умовение ног», «Взятие Христа под стражу», «Моление о чаше», «Причащение апостолов», а также «Явление Христа апостолам на озере Тивериадском» и «Чудесное умножение рыб и хлебов» (дублирующие сюжеты первой фазы росписей), Григорий Акрагантский, священномученик Киприан, святитель Амфилохий Иконийский и священномученик Дионисий Ареопагит. Художник второй фазы росписей работал в духе «динамичного» течения позднекомниновского стиля, к которому относятся фрески в Курбинове (Республика Македония) и в Кастории, в церкви св. Бессребреников. Третья фаза росписей (в южной части западной стены) относится ко второй половины XIII в. (согласно А. Орландосу) или к последней четверти XIII в. (согласно Коллиасу). В тимпане над дверью в западной стене расположены композиции «Распятие» и «Несение Креста», а на внутренних сторонах арки – «Осуждение Христа на смерть синедрионом», «Отречение апостола Петра», «Отослание апостолов на проповедь», «Приготовление креста», «Разделение одежд Христа» и «Снятие с Креста». В южной части западной стены представлены ещё три сцены событий после Распятия: «Положение во гроб», «Жёны-мироносицы у гроба» и «Сошествие во ад». Выше изображены три из семи Вселенских соборов (второй, четвёртый, шестой). По мнению исследователей, напротив, на восточной стене, были изображены остальные четыре Собора. В тимпане и на внутренних сторонах арки южной полуциркульной ниши расположены композиции «Смерть праведника», «Смерть грешника» и две сцены, которые относятся к видениям загробного мира, идентификация которых невозможна из-за плохой сохранности. А. Орландос относил эти сцены к первой фазе росписей, Коллиас – к третьей. Фрески (1745 г.), размещенные на стенах в рамах, были сняты со стен придела Пресвятой Богородицы, когда был открыт древнейший слой XII в. Внутри монастырских стен расположено семь парекклисионов: Николая Чудотворца (раньше 1730 гг.), Всех святых (XVII в.), Честного Креста (около 1598 г.), Иоанна Предтечи (начало XVII в.), Василия Великого (середина XVII в.), Георгия Победоносца (после 1730 гг.), равноапостольных Константина и Елены (конец ХХ в., устроен в музее-ризнице). Чуть ниже входа в монастырь находится парекклисион во имя преподобного Онуфрия (1611 г.), перед входом – св. Апостолов (1603 г.).