Кроме того, монастырский комплекс включает: синодикон (зал для официальных приёмов и заседаний собора старцев), построенный в 1806 г. на средства Нектария, митрополита Сардского; экклисиархион (помещение, где экклисиарх готовит всё необходимое для службы и где после совершения литургии собирается братия); архондарик (зал для приёма посетителей), рядом с которым расположена гостиница; хранилище оливкового масла и вина, которые содержатся в наполовину вкопанных в землю пифосах (больших глиняных сосудах яйцевидной формы); пекарню, где находится старинное огромное корыто из цельного ствола платана, где монахи замешивали опару; мастерскую для изготовления свечей; склады, кельи, кабинеты игумена и эконома, секретариат, бухгалтерию. После землетрясения 1956 г. в 1957–1964 гг. были проведены реставрационные работы и сооружено четырёхэтажное здание для размещения музея-ризницы, библиотеки и гостиницы. Монастырь Апокалипсиса находится на полпути от Скалы к Хоре. Ядром монастырского комплекса является естественная пещера из известкового камня тёмно-серого цвета с пристроенным к ней приделом во имя праведной Анны, матери Пресвятой Богородицы; в пещеру ведут сорок ступеней. По преданию, в ней апостолу Иоанну Богослову было дано Откровение, и здесь с его слов апостолом Прохором были написаны Евангелие и Апокалипсис. Точное время устройства в пещере алтаря и её использования как церкви (освящена во имя апостола Иоанна Богослова) исследователям неизвестно. Предание приписывает сооружение придела праведной Анны преподобному Христодулу. Это посвящение связано с именем матери императора Алексея I Анны Далассины, которая склонила своего сына передать Христодулу остров Патмос. Анной также звали и мать Христодула. Современное строение сооружено в конце XVI в. иеромонахом Парфением (Панкостасом) и иеромонахом Германом (Мафасом; ум. в 1646 г., по другим сведениям, ум. в 1617 г.), впоследствии ставшими игуменами монастыря Иоанна Богослова. Каменный свод при входе в пещеру в том месте, откуда, по преданию, исходил голос Божий, естественно разделился на три части. На полу металлом окаймлено место, где лежала глава апостола Иоанна Богослова, когда он упал «как мёртвый» (Откр. 1:17), а на стене – небольшое углубление: где апостол, вставая, опёрся рукой. В 1973 г. под слоем побелки были обнаружены остатки фресок XII в. При преобразовании пещеры в церковь в её восточной части были построены стена с двумя небольшими конхами, протесис и диаконник. Исследователям неизвестно, была ли устроена центральная конха, или престол был помещён непосредственно перед стеной.