В любом случае существующая в настоящее время конха отсутствовала в византийский период, т.к. при её расширении (по мнению исследователей, в конце XVI в.) были разрушены фрески. Справа от центральной конхи сохранилось только изображение креста с растительным орнаментом у основания и монограммой «Свет Христов светит всем», которое Коллиас относит к первой половине XII в. Справа от центральной апсиды изображён апостол Иоанн Богослов, диктующий своему ученику Прохору. В малой конхе протесиса из двух изображений святителей сохранилась фигура Василия Великого. Справа от центральной конхи уцелели только нимб святого и надпись, из которой следует, что здесь был изображён Николай Чудотворец. В малой конхе диаконника – полуразрушенное от сырости погрудное изображение неизвестного преподобного. Также сильно повреждены погрудные изображения двух мучеников с крестами в руках: одно находится над конхой диаконника, другое – справа от неё. Эти росписи исследователи датируют 1180–1200 гг. Иконостас (около 1600 г.) содержит иконы «Богородица – Жезл из корня Иессея» (дар Неофита (Гриманиса), митрополита Карпафского, 1721 г.), «Апостол Иоанн Богослов, диктующий Прохору», «Апокалипсис» Фомы Вафаса (около 1596 г.) и икону, включающую сюжеты «Преподобный Христодул с моделью монастыря в руках», «Погребение апостола Иоанна Богослова», «Апостол Иоанн Богослов и Прохор» (конец XVI в.). На столпе, разделяющем пещеру и придел праведной Анны, находится икона «Христос Вседержитель на престоле», также считающаяся произведением Фомы Вафаса. Иконостас придела праведной Анны включает две иконы, написанные в конце XVI в. Фомой Вафасом, – «Христос Вседержитель на престоле» и «Пресвятая Богородица на престоле» – и икону «Праведная Анна с Пресвятой Богородицей на руках» 1620–1630 гг. На царских вратах под «Благовещением» изображены небесные покровители ктиторов – Константинопольский патриарх Герман и Лампсакский епископ Парфений. Некогда стены и свод придела были расписаны фресками со сценами Апокалипсиса, но красочный слой осыпался от влажности. К пещере и к приделу праведной Анны впоследствии были пристроены нартекс и экзонартекс. Слева в нартексе находится могила дидаскала Даниила (Керамевса). Пещера Апокалипсиса окружена разновременными постройками. Парекклисионы великомученика Артемия и Николая Чудотворца, кельи и сад были устроены в начале XVI в. Кесарийским митрополитом Григорием с острова Нисирос, подвизавшимся и впоследствии погребённым здесь. Позднее Макарием Патмосским и затем Даниилом, митрополитом Визийским, были сооружены другие здания. Последние постройки были возведены в 1903–1905 гг. схолархом Патмиады иеродиаконом Александром (Дипланасом; впоследствии митрополит Кидонийский).