От поздней записи сохранён образ Богоматери в медальоне в зените свода придела. Деревянный иконостас придела Пресвятой Богородицы изготовлен критскими мастерами в 1607 г. В иконостасе придела Христодула (около 1607 г.) помещены происходящие из более раннего иконостаса икона «Христос Великий Архиерей», образ Божьей Матери «Страстная» и икона «Преподобный Христодул». Они написаны около 1500 г. художниками круга критских живописцев Андреаса Рицоса или Ангелоса. Фрески выполнены около 1600 г. В низком глухом куполе изображён Пантократор, на западной стене алтаря – иерархи и «Преставление преподобного Христодула», на других стенах – «Торжество Православия», «Чудо архангела Михаила в Хонех», «Преподобный Иоанн Лествичник». Трапезная относится к числу ранних монастырских построек (конец XI в. или, по другому мнению, начало XII в.). Ориентирована с севера на юг, занимает значительное место в западной части монастырского комплекса. Небольшая часть северной стены граничит с приделом Пресвятой Богородицы. Первоначальная деревянная крыша в конце XII – начала XIII вв. (или в начале XIII в.) была заменена полуциркульным сводом (высота 8,5 м) с куполом на октагональном барабане. Трапезная в виде купольного зала представляет собой исключение в монастырской архитектуре. Сохранились два стола XII в., облицованные мраморными плитами. Дверь в южной стене ведёт в поварню, а дверь в восточной стене – в кладовые. Стены и свод трапезной в конце XII – начале XIII в. были украшены фресками (исследователи выделяют три фазы росписей на основании стилистических особенностей живописи и в соответствии с этапами строительства), большая часть которых разрушилась от влажности. Фрагменты фресок сохранились в северной полуциркульной нише и на западной стене. Остатки первой фазы росписей (1176–1180 гг. или конец XII в., согласно Коллиасу, 1180–1190 гг. – Е. Цигаридасу, начало XIII в. – А. Орландосу) уцелели в тимпане северной полуциркульной ниши западной стены: образы преподобных Евфимия Великого, Харитона Исповедника, Илариона Великого и неизвестного подвижника (подпись утрачена), имеющие большое сходство с изображениями святых Саллюстия, Мокия и Нифонта из придела Пресвятой Богородицы, и композиции «Явление Христа апостолам на озере Тивериадском» и «Чудесное умножение рыб и хлебов». Исследователи полагают, что они выполнены мастерами, расписавшими придел Пресвятой Богородицы. Для этих фресок характерно такое же высокое, как и в приделе, качество исполнения, что отличает их от более поздних росписей трапезной.