Невзирая на поддержку Халкидонского собора папами и императорами, нехалкидонитская партия оставалась на Востоке сильной. Навязать халкидонизм восточным патриархатам оказалось невозможным даже репрессиями. Изгнание с Антиохийской кафедры законных патриархов-миафизитов и почти полное уничтожение местной церковной иерархии привело к возрождению церкви Сирии в виде едва ли не подпольного, но уже независимого от Константинополя миафизитского патриархата. В Египте, наоборот, все попытки имперской церкви посадить на Александрийскую кафедру патриархов-халкидонитов, приводили к бунтам местного населения и их свержению. По этой причине империя была вынуждена создать альтернативный халкидонитский Александрийский патриархат, помимо своей воли предоставив возможность миафизитам Египта выделиться в независимую от империи церковь. В VII в. Восточная Римская империя вследствие арабских завоеваний утратила все свои ближневосточные территории. Халкидонизм практически полностью замкнулся на оставшейся территории империи, распространяясь за её пределы лишь в лояльной империи греческой диаспоре. Таким образом, христологическое разделение диофизитов и миафизитов внутри некогда единой Византийской церкви перешло в разделение уже межцерковное, постепенно обретая национальные признаки. С тих пор, игнорируя подлинное исповедание Восточных нехалкидонских церквей, конфессиональная апология халкидонитов свелась к тому, что приклеив своим оппонентам ярлык «монофизитов», они свели статус их вероисповедания с древней, освящённой Вселенскими соборами миафизитской доктрины на уровень новосозданной, распространившейся только после Халкидона докетической монофизитской ереси. Судя по сохранившейся литературе, Анастасий Синаит является первым в халкидонизме полемистом и апологетом; в его трудах появляется термин «монофизиты», которым он называет представителей древневосточных православных церквей. Систематизатор византийского богословия Иоанн Дамаскин в своём сборнике «О ста ересях вкратце», называя египтян «монофизитами» и выставляя им упрёк лишь за «отделение от православной церкви», вроде бы прямо не увязывает их не прояснённую «ересь» с докетизмом, но через почитаемого египтянами Диоскора всё равно выводит их на Евтихия. В результате и египтяне, и все остальные христианские народы, не признающие Халкидонский собор, вопреки своей реальной вере и помимо своей воли оказались для халкидонитов «евтихианами-монофизитами», не признающими во Христе человека, но считающими его только Богом.