Президент также возражал против норм законопроекта, предусматривавших особую поддержку государством традиционных для России конфессий. После преодоления политического кризиса законотворческая работа над поправками к Закону РСФСР «О свободе вероисповеданий» продолжилась. В Правительстве РФ был подготовлен проект федерального закона «О свободе совести и о религиозных объединениях», который должен был заменить действовавший Закон РСФСР «О свободе вероисповеданий». Начавшаяся в обществе дискуссия по поводу изложенных в проекте закона концептуальных подходов обозначила две полярные позиции. Государству предлагалось либо отказаться от любых попыток контроля и регулирования деятельности религиозных организаций, либо, предоставив приоритет конфессиям, существовавшим в России на протяжении столетий и ставшим неотъемлемой составляющей жизни российского общества, ввести ограничения в деятельность нетрадиционных религиозных движений. Наибольшую полемику вызвало упоминание в тексте законопроекта термина «традиционные религии», а также введение 15-летнего срока деятельности религиозной группы в стране для получения ею статуса религиозной организации с соответствующими льготами и возможностями. 10 июля 1996 г. в Государственной думе состоялось первое чтение проекта федерального закона «О свободе совести и о религиозных объединениях», внесённого Правительством РФ в Государственную думу на рассмотрение в июле 1995 г. Перед голосованием выступивший на пленарном заседании Думы член Совета по взаимодействию с религиозными объединениями при Президенте РФ митрополит Кирилл (Гундяев; ныне Патриарх Московский и всея Руси) в целом положительно отозвался о законопроекте и высказал предложения по усилению механизмов контроля за деятельностью тоталитарных сект и иностранных проповедников. Б.Н. Ельцин в замечаниях к тексту принятого в первом чтении законопроекта основное внимание уделял обеспечению права на создание религиозной организации для лиц, не проживающих постоянно на территории РФ, поскольку «регистрация по месту пребывания и месту жительства или отсутствие таковой не могут служить основанием ограничения или условием реализации прав и свобод граждан». Порядок регистрации религиозного объединения, по мнению Б.Н. Ельцина, должен был соответствовать гражданскому законодательству (т.е. религиозная организация должна была регистрироваться как обычное общественное объединение). Основания для запрета религиозной организации президент ограничивал действиями, непосредственно направленными на насильственное изменение конституционного строя, создание вооружённых формирований, разжигание социальной, национальной и религиозной вражды.