В связи с этим, по его мнению, подписание закона «могло стать поводом для конфликтов на религиозной основе внутри страны». Президент также сослался на негативные отзывы на текст закона со стороны некоторых депутатов, общественных деятелей и на «критические отклики из-за рубежа». Б.Н. Ельцин заявил, что направит в Государственную думу и Совет Федерации свои предложения по совершенствованию закона. Воспоминания Б.Н. Ельцина позволяют исследователям сделать вывод, что мнение Президента РФ о законе во многом сложилось вследствие некритично воспринятых обращений противников изменений в религиозном законодательстве. В частности, Б.Н. Ельцина утверждал, что «закон, принятый Думой, вводил жёсткие ограничения на пути возникновения новых религиозных объединений. Ограничения такие, что, по сути, устанавливался запрет на появление в России новых конфессий». Подобные нормы в новом законе отсутствовали. Немаловажную роль в его решении сыграло и опасение, что принятие закона может ухудшить отношения России с другими странами. Отклонение Б.Н. Ельциным Закона «О свободе совести и о религиозных объединениях» было с сожалением встречено верующими РПЦ. Об этом говорилось в заявлении патриарха Алексия II от 24 июля, считавшего, что окончательное отклонение закона, имевшего в стране широкую поддержку, затруднило бы движение российского общества к миру и согласию. Патриарх вновь выразил убеждённость в необходимости введения в действие закона без изменения его структуры и принципиальных положений. В заявлении подчёркивалось, что содержащееся в преамбуле закона упоминание об уважении к христианству, иудаизму, буддизму и иным традиционно существующим в России конфессиям не имеет прямого юридического действия и не ущемляет прав религиозного меньшинств. Ни одна норма закона не вводит преимуществ или ограничений для религиозных организаций по вероисповедному признаку, при этом обозначенная в преамбуле дифференциация религиозных объединений по времени их создания, численности и распространенности присутствует в законодательствах многих европейских стран. В связи с этим патриарх Алексий II указывал на предвзятость и политику «двойного стандарта» в отношении России со стороны некоторых зарубежных государственных органов и религиозных объединений, игнорировавших наличие в ряде стран гораздо менее либеральных законов о религии. В тот же день в гостинице «Даниловская» состоялась совместная пресс-конференция представителей трёх традиционных религий (православной, исламскйо, буддийской), посвящённая ситуации, сложившейся вокруг закона «О свободе совести и о религиозных объединениях».