24 июня к Б.Н. Ельцину обратился папа Римский Иоанн Павел II, призвавший не допустить вступления закона в силу. Папа утверждал, что отдельные статьи законопроекта ограничивают свободы некоторых вероисповеданий, в том числе католического. 8 июля последовало аналогичное обращение к Б.Н. Ельцину Президента США Била Клинтона (Уильяма Джефферсона), который выступил в защиту «новых религий и конфессий». 16 июля сенат США принял решение о прекращении программ помощи России в случае вступления российского Закона «О свободе совести и о религиозных объединениях» в силу. В поддержку закона высказались представители РПЦ, мусульманские, буддийские, иудаистские религиозные деятели. 17 июля с настоятельной просьбой ввести в действие этот закон к Б.Н. Ельцину обратился патриарх Алексий II. Под обращением подписались члены Священного Синода и другие архиереи РПЦ, прибывшие в это время в Троице-Сергиеву лавру на праздник обретения мощей Сергия Радонежского. В обращении подчёркивалось, что предложенный президенту на подпись закон получил поддержку членов обеих палат Федерального собрания РФ от различных политических партий и регионов. Подавляющее большинство представителей российской общественности также положительно оценили закон, который «устраняет прежние правовые пробелы в области деятельности религиозных объединений и их взаимоотношений с государством, разумно и ответственно упорядочивает правовое положение религиозных объединений». То, что закон различает религиозные объединения по времени образования и степени распространённости в России, по численности их последователей, подчёркивал патриарх, представляется справедливым, поскольку создаёт предпосылки для ограждения личности и общества от разрушительной псевдорелигиозной и псевдомиссионерской деятельности, наносящей очевидный вред духовному и физическому здоровью человека, национальной самобытности, стабильности и гражданскому миру в России. В обращении прозвучало предупреждение о том, что отклонение закона Б.Н. Ельциным приведёт к дальнейшей духовно-нравственной дестабилизации в России. Подобного рода обращения были посланы президенту и другими религиозными объединениями. 22 июля Б.Н. Ельцин отклонил Закон «О свободе совести и о религиозных объединениях» в предложенной редакции, в том числе из-за несовершенства формулировки преамбулы. Президент выступил с обращением к российскому народу, в котором назвал свой поступок «тяжёлым решением» и отметил, что новый закон необходим для защиты нравственного и духовного здоровья россиян, противодействия проникновению в страну радикальных сект. Однако Б.Н. Ельцин заявил, что «многие положения закона ущемляют конституционные права и свободы человека и гражданина, устанавливают неравенство различных конфессий, противоречат принятым Россией международным обязательствам».