По итогам проведённой работы 3 сентября Б.Н. Ельцин представил в Государственную думу поправки к закону. С их учётом 19 сентября Федеральный закон «О свободе совести и о религиозных объединениях» был принят Государственной думой, 24 сентября одобрен Советом Федерации, 26 сентябре подписан Б.Н. Ельциным и вступил в силу. Впоследствии в воспоминаниях о ситуации с принятием закона Б.Н. Ельцин обрисовал сложность стоявшего перед ним выбора: «Подпишу закон – от нас отвернётся весь цивилизованный мир, мы опять окажемся в политической изоляции. Отклоню – сильнейший удар по Русской Православной Церкви, по традиционным, небогатым российским конфессиям. Западные религиозные объединения, за которыми стоят миллиарды долларов и которые немедленно, на законных основаниях, рванутся в страну, их просто уничтожат». Б.Н. Ельцин особо отмечал, что его поправки к закону были вызваны заботой о гарантии конституционного права граждан на свободу совести, о недопущении вмешательства в духовную жизнь религиозного меньшинств, но в то же время в поправках сохранялась суть предложений, поступивших от церковных организаций православной церкви и других традиционных конфессий: «Псевдорелигии и псевдомиссионеры не смогут растлевать неокрепшие души людей... И ислам, и буддизм, и иудаизм, и другие традиционные для нашей страны религии, и представительства самых разных мировых церквей должны иметь в законе чёткую опору, государственные гарантии». Другой проблемой, ставшей серьёзным испытанием для государственно-церковных взаимоотношений, была ситуация, связанная с екатеринбургскими останками, идентифицированными правительственной комиссией как останки императора Николая II и членов его семьи. Несмотря на отказ РПЦ признать выводы комиссии, Б.Н. Ельцин принял участие в состоявшейся 18 июля 1998 г. церемонии торжественного захоронения останков как царских. Объясняя своё решение, принятое вопреки однозначно выраженному православной церковью мнению, он аргументировал его в воспоминаниях тем, что «это – дело международного престижа России». Значительную роль в решении о захоронении екатеринбургских останков как царских сыграло и то обстоятельство, что Б.Н. Ельцин не мог не чувствовать ответственности за снос в Свердловске в бытность его первым секретарём обкома партии Ипатьевского дома, в котором претерпели мученическую кончину члены царской семьи: «Царские похороны я воспринимал не только как свой гражданский, политический, но и как личный долг памяти».