Государственные органы долгое время не обращали должного внимания на деструктивную, асоциальную деятельность сект, даже если она приобретала явно противозаконный характер. Наибольший резонанс вызвала деятельность в РФ секты Аум Синрикё. Секта зарегистрировала в РФ свои филиалы, осуществляла регулярные радио- и телепередачи, её руководитель вёл переговоры с российскими политиками. Только после террористических актов, совершённых адептами секты в Японии в 1994 г., она была запрещена и в России. В апреле 1995 г. Б.Н. Ельцин поручил Генеральной прокуратуре расследовать обстоятельства деятельности Аум Синрикё в России. В воспоминаниях Б.Н. Ельцин писал, что понимал серьёзность положения, складывавшегося в духовной жизни страны: «После падения СССР в новую Россию потоком хлынули миссионеры из самых разных стран мира. Среди них были мудрые, достойные люди, но были и коммерсанты от религии, были и те, кто не останавливался ни перед чем, лишь бы завладеть юными, неокрепшими душами. Религиозные секты заполонили залы пустующих кинотеатров и дворцов культуры. Псевдомиссионеры вербовали восторженных поклонников среди студентов и старших школьников, порой тоталитарные секты становились причиной многих человеческих трагедий: люди бросали свои семьи, работу, учёбу, дети уходили от родителей «в бега», начинали бродяжничать. Это был колоссальный ущерб для их духовного развития, для их психики». Последствия неконтролируемой деятельности в России иностранных миссионеров и нетрадиционных религиозных организаций выявили существенные недостатки в законодательстве о деятельности религиозных организаций. Вопрос о необходимости внесения изменений в Закон РСФСР «О свободе вероисповеданий» был поднят как один из наиболее важных на встрече Б.Н. Ельцина с главами основных конфессий страны 20 апреля 1993 г. Во время встречи патриарх Алексий II, председатель ЦДУМ Т. Таджуддин и председатель Совета церквей евангельских христиан-баптистов Василий Ефимович Логвиненко в выступлениях обратили внимание на пагубные последствия, к которым приводят неконтролируемая деятельность в стране иностранных проповедников, представителей деструктивных сект. В Верховном Совете РФ летом того же года была начата разработка поправок к Закону РСФСР «О свободе вероисповеданий». Однако в связи с происходившим в это время политическим противостоянием президента и парламентского большинства подготовленные в Верховном Совете поправки были дважды отклонены Б.Н. Ельциным (4 августа и 17 сентября 1993 г.). При этом в обращениях Б.Н. Ельцина к депутатам Верховного Совета особо оговаривалась необходимость предоставления равных возможностей религиозной деятельности для граждан России и для лиц, не имеющих российского гражданства.