Исключения из оснований для запрещения религиозной организации пунктов о разрушающем воздействии на общественную мораль потребовала и Палата по правам человека Политического консультативного совета при Президенте РФ (её председатель депутат Государственной думы Валерий Васильевич Борщёв выступал одним из основных оппонентов нового закона). В Государственной думе работа над законопроектом велась, в основном, в рамках парламентского Комитета по делам общественных и религиозных организаций (председатель Виктор Ильич Зоркальцев, заместитель председателя депутат В.В. Борщёв) с учётом позиций основных политических партий, российских регионов, пожеланий представителей конфессий. С предложениями поставить правовой заслон бесконтрольной деятельности деструктивных псевдорелигиозных организаций и зарубежных миссионеров к депутатам Государственной думы обратился архиерейский Собор РПЦ 18–23 февраля 1997 г. Закон был принят Государственной думой 18 июня 1997 г. во втором и 23 июня в третьем, заключительном, чтении. 4 июля закон был утверждён Советом Федерации. Для вступления закона в силу требовалось его одобрение президентом. Текст законопроекта жёстко критиковали как правозащитные общественные организации, так и некоторые религиозные объединения (евангельские христиане-баптисты, адвентисты седьмого дня, общество сознания Кришны и др.). Крайнее недовольство критиков закона вызвала преамбула, в которой отмечалась особая роль православия в истории и становлении духовной культуры России, а также упоминались религии, составившие неотъемлемую часть исторического наследия народов России: христианство, ислам, буддизм и иудаизм. Из положений закона наибольшей критике подвергалось введение обязательного 15-летнего срока пребывания новой религиозной группы на месте будущей регистрации, а также запрет миссионерской деятельности зарубежных религиозных организаций, не зарегистрированных в РФ. С особой позицией по поводу закона «О свободе совести и о религиозных объединениях» выступила старообрядческая церковь, отметившая, что участие её представителей в разработке закона было недостаточным. Старообрядческая церковь критиковала принятый закон за то, что он «слабо препятствует агрессивности неправославного религиозного влияния». В обращениях к Б.Н. Ельцину Московского митрополита старообрядческой церкви Белокриницкой иерархии Алимпия (Гусева) говорилось о необходимости принятия особого закона, который жёстко регулировал бы деятельность в России нетрадиционных религиозных объединений. В отношении традиционных конфессий митрополит Алимпий предлагал сохранить действие Закона РСФСР «О свободе вероисповеданий» от 25 октября 1990 г. Острая дискуссия по поводу законопроекта получила международный резонанс.