На заседании Священного Синода РПЦ 18-19 февраля 1992 г. впервые было заявлено, что в случае действий митрополита Филарета, направленных на обретение автокефалии Украинской церкви неканоническим путём, Московский патриархат не оставит украинскую паству, а примет её в свою непосредственную юрисдикцию. Вопрос об автокефалии УПЦ обсуждал Архиерейский собор РПЦ 31 марта – 5 апреля 1992 г. Открывая работу Собора, патриарх Алексий II, касаясь темы автокефалии, сказал, что обращение украинского епископата с просьбой о даровании автокефалии и Определение Собора УПЦ от 1-3 ноября 1991 г. были разосланы всем епархиальным архиереям Московского патриархата для ознакомления. Епископат РПЦ, по словам патриарха Алексия II, также изучил повторное, январское, Обращение митрополита Филарета и украинских архиереев и ответное Послание патриарха и Синода РПЦ от 19 февраля 1992 г. На Соборе состоялась оживлённая дискуссия по вопросу об автокефалии. Проведённая в условиях, исключавших давление извне, она позволила участникам Собора сформировать адекватное представление о церковной жизни на Украине. Мнения, высказанные архиереями по данному вопросу, разделились. Итог обсуждения проблемы автокефалии Украинской церкви стал поистине сенсационным: не только российские иерархи, но и подавляющее большинство украинских епископов высказались против предоставления полной самостоятельности УПЦ. Большинство архиереев украинских епархий дезавуировали свои подписи, поставленные под обращением с просьбой о даровании автокефалии, т.к. были к тому принуждаемы под страхом прещений со стороны митрополита Филарета и притеснений со стороны украинских властей. Митрополит Филарет на Соборе пытался продолжать отстаивать курс на достижение автокефалии. Он говорил о необходимости соответствия между государственной независимостью Украины и автокефальным статусом УПЦ. Но сторонников автокефалии на Соборе выявилось крайне мало: Филарета поддержали лишь несколько архиереев из числа 58 выступавших на Соборе. Телеграммы, присланные в адрес Собора президентом Л.М. Кравчуком и Кабинетом министров Украины, в которых содержалась настоятельная просьба ускорить положительное решение вопроса об автокефалии УПЦ, большинство архиереев также расценили как попытку вмешательства в жизнь церкви. Многие иерархи обвиняли митрополита Филарета в том, что он не только не использовал для блага церкви и уврачевания раскола предоставленную УПЦ широкую автономию, но и сделал её орудием укрепления личной власти и произвола против всех несогласных с его курсом. На Соборе стали достоянием гласности факты грубейшего нажима на епископов и клириков с целью принудить их к поддержке линии на достижение автокефалии. Подробности последних конфликтов на этой почве стали широко известны благодаря пикетам, которые у московского Данилова мужского монастыря организовали представители православных верующих Украины. Они не только протестовали против автокефалии, но и требовали от Киевского митрополита, запятнавшего себя неблаговидным поведением, уйти на покой. О том же говорили и многие архиереи на заседаниях Собора.