Большинство православного населения Украины было настроено против церковной независимости и выступало за единство с Русской церковью в составе Московского патриархата. В новом автономном статусе Украинской церкви многие видели шаг на пути к автокефалии, которой большинство православных верующих Украины не желало даже при условии её каноничности. Митрополит Филарет, напротив, стремился к более высокой степени автономии УПЦ, видя в ней не столько средство противостояния расколу, сколько способ укрепления личной власти и независимости от Московской патриархии. Архиерейский собор РПЦ 25-27 октября 1990 г. по вопросу о возможности предоставления УПЦ независимости и самостоятельности в управлении определил: «1. Украинской Православной Церкви предоставляется независимость и самостоятельность в её управлении. 2. В связи с этим наименование «Украинский Экзархат» упраздняется. 3. Предстоятель Украинской Православной Церкви избирается украинским епископатом и благословляется Святейшим Патриархом Московским и всея Руси. 4. Предстоятель Украинской Православной Церкви носит титул “Митрополит Киевский и всея Украины”». На следующий день после окончания работы Собора, 28 октября 1990 г., патриарх Алексий II прибыл в Киев, чтобы торжественно объявить о независимости УПЦ, даруемой ради преодоления раскола и водворения церковного мира. Однако во время совершения торжественного патриаршего богослужения в храме Святой Софии в Киеве произошли события, которые показали, что разрешить проблемы в церковной жизни Украины путём предоставления УПЦ даже самой высокой степени автономии невозможно. Националистически настроенные политики и их приверженцы, прибывшие в Киев из Западной Украины, с целью срыва патриаршего богослужения устроили на Софийской площади враждебную манифестацию. 22-23 ноября 1990 г. в Киеве в связи с предоставлением УПЦ статуса независимой и самостоятельной в управлении по решению Синода Украинской церкви прошёл её первый Собор. На нём был принят новый устав УПЦ, который был рассмотрен 29 октября 1990 г. на Соборе православных епископов Украины. До распада СССР отношение властей Украинской ССР к конфессиональным проблемам в республике выглядело противоречиво. Коммунистическая номенклатура, стоявшая у власти в Киеве и восточных областях Украины, после 1988 г. относилась к церковным делам в целом индифферентно. Напротив, национально-демократические круги, которые пришли к власти на западе Украины уже в начале 1990 г., всячески поддерживали униатов и раскольников-автокефалистов. Такая разница в отношении к церкви, тем не менее, позволяла локализовать очаг религиозных конфликтов в пределах Галиции и не допустить эскалации межконфессиональных распрей на восток Украины. В середине 1990 г. распространение автокефалистского раскола было приостановлено. Несмотря на то что к этому времени в раскол ушли около 1,5 тыс. приходов, ранее находившихся в юрисдикции канонической УПЦ, в 1991 г. её новые потери были минимальными и положение фактически стабилизировалось.