Некоторые из уклонившихся в автокефалистский раскол клириков также отмечали, что причиной их ухода из канонической церкви стала личность Киевского митрополита, создавшего крайне тягостную атмосферу в Украинском экзархате. Стремясь предотвратить распространение раскола и униатства на Украине, Архиерейский собор Русской православной церкви 30–31 января 1990 г. принял «Положение об Экзархатах Московского Патриархата», согласно которому Украинский и Белорусский экзархаты получали более широкую автономию и право именоваться Украинской и Белорусской православными церквами соответственно. Экзархаты получили финансовую самостоятельность и право иметь собственные Синоды, которым передавалась высшая судебная, законодательная и исполнительная церковная власть в епархиях, расположенных на их территории. Автономизация Украинского экзархата привела к тому, что Филарет стал управлять им почти бесконтрольно. Личность и непродуманные действия Киевского митрополита в новых условиях способствовали дискредитации православия в западных регионах Украины, где уже в конце 1989 – начале 1990 гг. возникло острое межконфессиональное противостояние, в результате которого православные епархии были здесь подвергнуты разгрому приверженцами унии и раскола. 3 мая 1990 г. скончался Патриарх Московский и всея Руси Пимен, и митрополит Филарет был избран Местоблюстителем Патриаршего Престола. Между тем в прессе всё чаще стала появляться информация о безнравственном образе жизни митрополита Филарета. На Поместном соборе РПЦ 1990 г., проходившем 7-8 июня 1990 г. в Троице-Сергиевой лавре, экзарх Украины фигурировал в числе кандидатов на патриаршество. Однако Собор, впервые после 1917 г. получивший возможность избирать нового предстоятеля Русской церкви без давления со стороны государства, избрал новым Патриархом Московским и всея Руси митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия (Ридигера, патриарх Алексий II). Это обстоятельство стало одной из причин уклонения митрополита Филарета в раскол и попытки добиться незаконного «патриаршества» в Киеве. Уже летом 1990 г. митрополит Филарет стал стремиться к ещё большему расширению автономии УПЦ под предлогом необходимости нормализации церковной жизни на Украине. 9 июля 1990 г. украинские архиереи по инициативе митрополита Филарета приняли «Обращение Украинской Православной Церкви о предоставлении ей независимости и самостоятельности в управлении». На Соборе в Киеве епископат УПЦ избрал митрополита Филарета своим предстоятелем. 10 июля 1990 г. Синод УПЦ принял постановление о мерах, направленных на расширение автономии Украинского экзархата, что вновь мотивировалось сложной религиозно-политической ситуацией на Украине. Оно было рассмотрено Синодом РПЦ на заседании 20 июля 1990 г. В связи с принципиальной значимостью данного вопроса было решено вынести его на обсуждение на Архиерейском соборе РПЦ. На Украине обсуждение вопроса о предоставлении УПЦ полной самостоятельности в управлении проходило без широкой огласки, православная общественность не была информирована о предстоящих переменах.