В мае 1883 г. было обнародовано «Мнение Государственного совета о даровании раскольникам всех вероисповеданий права богослужения», по которому разрешалась деятельность русских баптистов. В мае 1884 г. на съезде представителей русских баптистских общин в с. Нововасильевка Таврической губернии был создан «Союз русских баптистов Южной России и Кавказа», председателем которого стал Вилер. На съезде определили новые районы для миссионерской деятельности и назначили в них служителей, обсуждались вопросы структуры и деятельности общин. Епископ Алексий (Дородницын) писал о том, что «русские баптисты как теоретическое обоснование своего общинного устройства в виде правил общинной жизни получили от немцев-баптистов, так равно и в практическом применении этих правил всегда пользовались их же руководством и указаниями». В 1884 г., Собор архипастырей Юго-Западного края России обсудил положение дел и меры борьбы с сектантством, в том числе и с баптизмом, и призвал к усилению миссионерской работы. В то время было образовано Одесское миссионерское Братство во имя апостола Андрея Первозванного, в Екатеринославской епархии активно действовали приходские миссионерские комитеты. В 1887, 1891 и 1897 гг. проходили съезды православных миссионеров, на которых также обсуждался вопрос о работе среди баптистов. Было дано указание духовных властей приходским священникам, чтобы они не возбуждали в православных ненависти к сектантам, внушая им «тихую скорбь», что на практике не всегда удавалось. Формулировки закона 1883 г. давали возможность его различной интерпретации. Например, ст. 10 («Уставщики, наставники и др. лица, исполняющие духовные требы у раскольников, не подвергаются за сие преследованию, за исключением тех случаев, когда они окажутся виновными в распространении своих заблуждений между православными или будут уличены в иных преступных деяниях») позволяла найти повод для ликвидации общины, закрытия молельного дома или ссылки баптистов в Закавказье, а позднее в Сибирь. В сентябре 1894 г. положение баптистов ухудшилось, т.к. новый циркуляр МВД вывел штундистов и баптистов из-под действия закона 1883 г. и определил их как последователей «особо вредных течений», без права на льготы и привилегии. В этот период многие баптисты переехали в Сибирь и Среднюю Азию, стремясь избежать репрессий, а другие были туда сосланы, что привело к возникновению баптистских общин там, где их прежде не было. Почти одновременно с баптистами в Санкт-Петербурге, в аристократических кругах, появились первые общины евангельских христиан, возникшие в результате миссионерской деятельности английского лорда Г. Редстока, впервые посетившего Санкт-Петербург в 1874 г. Его последователями стали граф М.М. Корф, граф А.П. Бобринский, княгини Н.Ф. Ливен и В.Ф. Гагарина. После Редстока общину возглавил отставной полковник В.А. Пашков, который предоставил для проведения молитвенных собраний свой дом. Члены общины на свои средства содержали детские приюты, открывали бесплатные ночлежки, столовые, читальни, где кроме оказания социальной помощи занимались пропагандой своих взглядов. С 1875 г. евангельские христиане (часто называвшиеся «пашковцами») стали издавать в Санкт-Петербурге ж. «Русский рабочий», в 1876 г. основали «Общество поощрения духовно-нравственного чтения» и начали распространять книги и брошюры духовно-нравственного содержания, основная масса которых была переведена с английского или немецкого языков. В 1884 г. по Высочайшему повелению общество было закрыто, а пропаганда учения Пашкова запрещена на всей территории империи. Пашков и Корф были высланы из страны. Однако проповедь евангелизма на этом не закончилась, и к 1905 г. в России было около 21 тыс. евангельских христиан. В 1907 г. И.С. Проханов составил проект устава Русского евангельского союза, 13 мая 1908 г. он был утвержден МВД, а в сентябре 1909 г. состоялся первый Всероссийский съезд евангельских христиан, председателем на котором был избран Проханов.