Победа Октябрьской революции внесла в их положение более серьезные коррективы. 23 января 1918 г. СНК издает декрет «Об отделении церкви от государства и школы от церкви», в котором нашли свое выражение большинство политических чаяний баптистов. Кроме отделения церкви от государства была объявлена свобода вероисповеданий, разрешено «неисповедание никакой веры» (строжайше запрещенное законодательством Российской империи); отменены все наказания за религиозные убеждения, изымалось указание о вероисповедании граждан из всех официальных документов; разрешалось свободное исполнение религиозных обрядов, если они не нарушают общественного порядка и не нарушают прав других граждан; ведение актов гражданского состояния передавалось отделам записи браков и рождений; разрешалось обучение религии частным образом. Единственный пункт этого декрета, не устраивавший баптистов, – запрет на владение частной собственностью религиозными организациями и отказ им в правах юридического лица. В своем обращении к советской власти на Всероссийском съезде евангельских христиан в декабре 1921 г. Проханов заявил: «Милые друзья, мы желаем успеха вам во всех отраслях вашего строительства, но мы должны указать, что все ваши реформы разрушились на наших глазах и будут рушиться дальше, пока вы не подведете настоящего фундамента – человека, который носит образ и подобие Божие. Здесь нужно Евангелие – учение Христа, без него вы ничего не сможете сделать». В 1923 г. на Третьем Всемирном конгрессе баптистов в Стокгольме В.Г. Павлов  заявил: «Объявлена полная религиозная свобода. Происходящие стеснения не носят систематического характера и объясняются условиями... гражданской войны... В особенности ревниво к ограждению верующих от стеснения в области религии относятся центральные власти. Полную лояльность к советской власти продемонстрировали решения 25-го Всесоюзного съезда баптистов СССР (1923 г.) о «недопустимости для баптистов антиправительственной деятельности путем агитации и пропаганды... Всякий баптист, если окажется виновным в сих деяниях, тем самым исключает себя из состава баптистского братства и ответствует единолично перед законами страны». В 20 гг. ХХ в. численность баптистов и евангельских христиан стала быстро расти, пополняясь преимущественно за счет сельского населения, причем главной фигурой постепенно становился середняк, доля которого составляла 45–60%. В городах преобладали кустари, ремесленники, наемные рабочие, сторожа, прислуга – в основном бывшие крестьяне. Уже в 1918 г. возникли первые баптистские сельскохозяйственные коммуны: «Прилучье» в Новгородской губернии, «Васан» в Енисейской, «Гефсимания», «Вифания», «Сигор» в Тверской губернии и др. В 1921 г. при Наркомземе даже была создана специальная комиссия по заселению свободных земель и бывших помещичьих имений общинами баптистов, евангельских христиан, старообрядцев и т.д. К 1924 г. в России было 25 коммун баптистов, которые однако просуществовали недолго. В начале гражданской войны в России многие баптисты и евангельские христиане отказались брать в руки оружие, хотя еще в 1905 г. они приняли на своем съезде исповедание, где было записано, что баптисты «считают себя обязанными, когда потребует этого начальство, нести повинности военной службы», а евангельские христиане в своем вероисповедании, опубликованном в 1910 г., признали воинскую повинность как оброк, но отметили, что не разрывают общения с теми, «кто думает иначе». 4 января 1919 г. был издан «Декрет об освобождении от воинской повинности по религиозным убеждениям», и решение каждого конкретного случая возлагалось на Объединенный совет религиозных обществ и групп, члены которого посещали призывные пункты и составляли ходатайства в народные суды. Решением суда происходило полное или частичное (служба санитаром) освобождение от воинской повинности; в совет входили представители баптистов и евангельских христиан. В 1923 г. евангельские христиане, а в 1926 г. баптисты на своих съездах признали необходимым для членов их общин отбывание воинской повинности. Архивные документы и воспоминания очевидцев этих событий утверждают, что это было сделано под грубым давлением со стороны ГПУ.