В 1383 г. епископ Нориджа (Англия) Генрих Деспензер (сторонник Урбана VI) объявил Крестовый поход против сторонников Климента VII, избрав местом первого удара Фландрию. Французам удалось отстоять свои интересы, и в 1384 г. Фландрия перешла под власть бургундских герцогов, вассалов французской короны. Тем не менее, впоследствии города Гент и Мехелен остались верны Риму. В Льеже тоже сложились две партии: проримская во главе с епископом Иоанном Бавьером «Безжалостным» и проавиньонская, объединившая большинство горожан. Между ними вспыхнула гражданская война, которая окончилась лишь в 1408 г. победой епископа. В 1425 г. герцог Брабантский Иоанн IV основал первый на территории Бельгии университет в городе Лувен (фламандский Лёвен). В начале XVI в. благодаря преподавательской деятельности Эразма Роттердамского здесь укоренились традиции христианского гуманистического богословия. XV век ознаменовался оживлением духовной жизни на основе движения «devotio moderna» Герта Грооте. К середине века в рамках этого движения на территории Бельгии появились новые конгрегации: «братья общинной жизни», «сёстры общинной жизни», каноники Вильдесхайма. Под влиянием «devotio moderna» находились также мехеленские францисканцы – аскетические писатели Я. Бругман (ум. в 1473 г.) и Г. Харпиус (ум. в 1477 г.). Большое значение приобретает в Бельгии Орден картузианцев; сильное влияние на монашество Бельгии оказал Дионисий Картузианцец. В XV в. епископы в Бельгии стали назначаться герцогами Бургундскими и лишь утверждались папами. Имели место столкновения с французскими королями, которые стремились сохранить за собой право назначать епископов Турне, что привело к схизме в 1483–1505 гг., когда на эту кафедру было назначено сразу два епископа. Все епископы XV – начала XVI вв. были тесно связаны с бургундским двором, являлись родственниками герцогов, вели придворную жизнь, не появляясь в своих епископствах. При Габсбургах это явление стало распространённым, причём многие епископы занимали одновременно несколько кафедр. Расцвет светской ренессансной культуры и одновременно упадок местной церковной жизни способствовали быстрому распространению идей Реформации и протестантизма в Бельгии с 1520 гг. Территория Бельгии вошла в состав владений дома Габсбургов в 1482 г. в результате династического брака императора Максимилиана Габсбурга и Марии Бургундской, наследницы части владений герцога Карла Смелого. Вместе с современной территорией Бельгии в Римско-Германскую империю вошли также почти все современные Нидерланды, южная часть Фландрии, графство Артуа (современная территория Франции) и Люксембург, которые впоследствии составили особый наследственный габсбургский округ, не подлежащий разделению. В начале XVI в. после женитьбы герцога Филиппа Бургундского (король Испании в 1504–1506 гг.) на Хуане Испанской Нидерланды перешли под контроль испанской короны. В 1555 г. императором Карлом V Габсбургом, объединившим под своей властью австрийские и испанские владения, был проведён раздел империи, и Нидерланды отошли под власть короля Испании Филиппа II. Идеи Мартина Лютера стали распространяться на территории Бельгии очень рано, так что уже в 1521 г. правительство по требованию католической церкви было вынуждено издать законы против еретиков («плакаты»).