Широкомасштабные гонения на Православную российскую церковь были развернуты уже в дни работы Собора: 25 января 1918 г. у стен Киево-Печерской лавры расстреляли митрополита Киевского Владимира (Богоявленского). Эскалация гонений привела к тому, что избранный на Поместном соборе Патриарх Тихон предал анафеме всех, кто так или иначе участвует в большевистских гонениях на церковь. Последователи «катакомбной» церкви позже стали называть себя «тихоновцами» – в знак почитания Патриарха-исповедника, который так и не принял предложенных ему большевиками условий «взаимодействия». На эти условия в целом согласился в июле 1927 г. освобожденный из тюрьмы митрополит Сергий (Страгородский), который принял управление Русской православной церковью в должности заместителя Патриаршего Местоблюстителя и издал «декларацию» о «лояльности» советской власти. В этом документе власть большевиков не только признавалась законной, но и провозглашалось тождество интересов и целей церкви и советского государства. Значительная часть иерархов Русской православной церкви не признали «нового курса» митрополита Сергия, назвав его «сергианством». Вскоре между «сергианами» и «тихоновцами» прекратилось церковное общение. Это разделение имело не только политические и канонические (например, узурпация церковной власти митрополитом Сергием), но и богословские причины: «тихоновцы» предали анафеме «сергианство» как богословскую ересь, а в 1937 г. эта анафема была официально подтверждена Усть-Кутским собором Истинно-православной церкви (ИПЦ). Среди «катакомбников» оказались такие выдающиеся иерархи Русской православной церкви, как митрополиты Кирилл (Смирнов), Агафангел (Преображенский), Иосиф (Петровых), архиепископы Иларион (Троицкий), Серафим (Самойлович) и др. Все они в числе десятков тысяч других последователей ИПЦ были подвергнуты репрессиям за свои убеждения. Со временем возникли новые противоречия между Московской патриархией (МП) и Истинно-православной церковью (ИПЦ). Последняя не признавала и считала незаконным избрание 8 сентября 1943 г. митрополита Сергия (Страгородского) Патриархом Московским и всея Руси, а также избрание всех последующих Патриархов вплоть до Алексия II; осуждала вступление МП в апреле 1961 г. во Всемирный совет церквей и ее активное участие в экуменическом движении, считая экуменизм ересью; обличала РПЦ за отказ канонизировать Новомучеников и Исповедников российских, которые почитались в ИПЦ как святые еще с 1930-х гг. Истинно-православная церковь и Московская патриархия взаимно не признавали священнослужителей друг друга, принимая их через покаяние либо через новое рукоположение в священнический сан. Противоречия усугубляет и продолжающаяся вплоть до наших дней дискриминация альтернативного православия в России. Истинно-православная церковь с самого начала была неоднородна – в конце 1920-х гг. она объединяла несколько независимых групп («ветвей»), возникших вокруг разных духовно-административных центров или вокруг духовных лидеров – авторитетных иерархов. Так появились катакомбники – «даниловцы», «иосифляне», «буевцы», «викториане», «андреевцы», «ярославская оппозиция» и др. В большинстве случаев до 1940-х гг. последователи всех катакомбных групп признавали каноничность друг друга, вместе выступали против «сергианства» и советской власти, устраивали общие совещания и соборы.