Фактический распад единой РИПЦ начался в 1998 г., спустя два года после ее образования. Священный синод РИПЦ под председательством архиепископа (ныне митрополита) Стефана (Линицкого) запретил в священнослужении, а позже исключил из священного сана и предал анафеме фактического первоиерарха этой Церкви митрополита Амвросия (Катамадзе). Эти решения не были признаны группой иерархов РИПЦ, поддержавших митрополита Амвросия и образовавших свой независимый Синод, в свою очередь, лишивший сана архиепископов Стефана и Вячеслава. В середине 1999 г. появились определенные трения между архиепископами Стефаном и Вячеславом, связанные со склонностью первого к церковному «модернизму». В результате централизованное церковное управление РИПЦ прекратило свое существование, а три иерарха, входивших в его состав, образовали свои независимые друг от друга «ветви». В состав Священного синода РИПЦ под председательством архиепископа Вячеслава, созданного в январе 2000 г., входят почти все священнослужители этой «ветви» (епископ Михаил (Вишневский), протоиерей Владимир Розенталь, иерей Андрей Грибков и иерей Владимир Ярошевский). Синоду подчиняются две епархии и несколько приходов (не более 10-ти), среди которых уникальная православная община латинского обряда во имя святителя Григория Двоеслова, Папы Римского, возглавляемая священником Андреем Грибковым (Езерским). Член Священного синода протоиерей Владимир Розенталь широко известен как «народный целитель», автор книг «Алкогольный бес и его изгнание», «И будут они здоровы», «Одержание алкогольным бесом», разработчик запатентованной методики «способ Розенталя-Ярославцева лечения больных хроническим алкоголизмом», а также методов зоотерапии (лечение с помощью животных), академик Академии русского целительства. В состав «обновленческого» Синода, именующего подчиняющуюся ему «ветвь» РИПЦ Православной церковью возрождения (ПЦВ), входят митрополит Стефан (Линицкий), архиепископы Дидим (Нестеров), Кириак (Темерциди), Сергий (Саркисов), епископы Венедикт (Молчанов), Гедеон (Новиков), Валентин (Астафьев), Виталий (Кужеватов) и Ростислав (Мельников). Фактическим идеологом этой церкви является известный советский диссидент Глеб Якунин. Еще одна «ветвь» РИПЦ, возглавляемая митрополитом Рафаилом (Прокофьевым), именует себя Русской православной соборной церковью. В ее состав входят Московская (3 общины), Санкт-Петербургская (3 общины) и Красноярская (3 общины) епархии, а также еще 5 местных религиозных организаций, не входящих в епархии (в том числе московская Православная миссия св. Иоанна Иерусалимского). Помимо митрополита Рафаила церковь окормляют митрополит Санкт-Петербургский и Старорусский Сергий (Моисеенко), епископ Красноярский и Канский Георгий и епископ Выборгский Дидим (Нестеров) (входит также в состав ПЦВ). Митрополит Рафаил возглавляет медицинский центр (ранее он назывался «Проис»), зарегистрированный как Центральный институт мануалогии. В Синод РИПЦ под председательством митрополита Амвросия (Катамадзе) входят архиепископы Крутицкий и Владимирский Арсений (Киселев), Казанский и Марийский Александр (Миронов), Хельсинкский и Прибалтийский Назарий (Катамадзе), епископы Пензенский и Симбирский Тихон (Киселев), Гайнатский и Имеретинский Моисей (Ходжава), Потийский и Мегрельский Николай и Коломенский Тихон.