Часть катакомбных «ветвей» уцелела вплоть до наших дней: так, большинство «викториан» (последователей епископа Виктора Глазовского) присоединились к Российской православной автономной церкви (РПАЦ). После изменения государственной политики в отношении религии в годы Великой Отечественной войны (легализация Московского патриархата и передача ему тысяч ранее закрытых храмов) положение Истинно-православной церкви осложнилось, и она была вынуждена перейти на более конспиративное положение (последний легальный «иосифлянский» храм в окрестностях Ленинграда был закрыт властями в 1943 г.). Во время так называемых «хрущевских гонений» начала 1960-х гг. было арестовано большинство оставшихся к тому времени иерархов Истинно-православной церкви, после чего многие катакомбные общины лишились архиерейского или даже священнического окормления. В то же время, в начале 1970-х гг., появилось несколько новых «ветвей» ИПЦ, самые известные из которых – «серафимо-геннадиевцы» (они же «секачевцы») и «алфеевцы». Обе эти «ветви» считают своим основоположником епископа Серафима (Поздеева), якобы тайно рукоположенного Патриархом Тихоном за два дня до своей кончины (5 апреля 1925 г.). В катакомбной церкви была распространена версия о том, что подлинный епископ Серафим погиб в заключении в 1940-е гг., а после войны под его именем действовал самозванец. Поэтому большинство последователей других «ветвей» не считают каноническими «секачевцев» и «алфеевцев». Основателем «секачевской» «ветви» является схимитрополит Геннадий (Секач), рукоположенный во епископа в мае 1971 г. епископом Серафимом. Схимитрополит Геннадий возглавлял несколько тайных монастырей на Кавказе (преимущественно в Абхазии) и рукоположил не менее 12-ти архиереев. Скончался 2 мая 1987 г. Ныне «секачевцев» возглавляет митрополит Епифаний (Каминский), проживающий в Беларуси. В его подчинении находится несколько архиереев и до 100 общин в Беларуси, в Украине, на Северном Кавказе, в Центральной России и в Сибири. В 1991 г. от «секачевцев» отделился московский епископ Исаакий (Анискин), образовавший собственную «ветвь». Ее духовный центр расположен в небольшом женском монастыре в Вологодской области. Известно о существовании еще одной отделившейся от «секачевцев» группы – «ветви» архиепископа Никона (Ломекина), общины которой есть в Москве. «Алфеевцы» также происходят от епископа Серафима (Поздеева), который в 1965 г. рукоположил во епископа основателя этой иерархии Алфея. Они имеют несколько общин в Воронежской области и в Сибири. Фактическим главой «алфеевской» «ветви» является епископ Александр, проживающий под Воронежем. В 1975 г. несколько «катакомбных» священников, оставшихся без епископа, обратились в Архиерейский синод Русской православной церкви заграницей (РПЦЗ) с просьбой принять их в свое каноническое подчинение. Удовлетворив эту просьбу, РПЦЗ положила начало своим каноническим структурам в России. Ранее эта церковь, образованная русскими эмигрантами в 1920 г., многократно декларировала свое каноническое общение с Истинно-православной церковью и воздерживалась от общения с Московской патриархией, не признавая ее священноначалие законным.