Италия в это время переживала период борьбы за создание единого национального итальянского государства, вошедшего в историю под названием Рисорджименто (т.е. Возрождение). Народ Италии под руководством вождей Мадзини, Гарибальди и Кавура сражался с австрийскими оккупантами. Подстрекаемый иезуитами, неожиданно для либералов, папа в апреле 1848 г. выступил с «Обращением», осуждавшем борьбу с Австрией. Опасаясь возмездия карбонариев, он тайно бежал из Рима в Гаэту в феврале 1849 г. в сопровождении своей любовницы и ее мужа, агента австрийского двора. После бегства папы демократы во главе с Мадзини провозгласили Римскую республику, и уже через несколько дней папа обратился к главам католических государств с призывом к интервенции в республику. На призыв откликнулись Неаполитанское королевство, Австрия и Франция. Под натиском французов Рим пал, и в апреле 1850 г. Пий IX вернулся в Ватикан.

Начало нового правления папы ознаменовалось декретом, запрещавшим все политические объединения и свободу печати. Папа также восстановил своим декретом смертную казнь для политических заключенных. Однако его беспокоили успехи патриотов во главе с Гарибальди, который освободил обе Сицилии, совершил знаменитый Миланский поход и подарил королевство Виктору-Эммануилу II (1861–1878 гг.). Только французские наемники сумели нанести поражение Гарибальди, что несколько успокоило папу. Наряду с чисто духовным догматом о «Непорочном зачатии» (1854 г.) он издает «Силлабус» (1864 г.), т.е. перечень «главных заблуждений», в котором приведены 80 «заблуждений», подлежащих осуждению. Среди них значатся натурализм, либерализм, протестантизм, социализм, коммунизм, свобода нации и философии и т.д. Пий IX объявил поход против сил демократии и настаивал на завоевании светской власти. Для этого он собрал I Ватиканский Вселенский собор (1869–1870 гг.), где было утверждено постановление о неограниченной епископской власти и о непогрешимости папы в вопросах веры и нравственности.

На Соборе, 20-м по счету католической Церкви (20-м Вселенском, поскольку католики считали Вселенскими все Соборы, в отличие от православных, которые признают Вселенскими только первые семь), были приняты две догматические конституции: о католической вере и о Церкви Христовой. В частности, осуждая материализм, рационализм и атеизм, собор констатировал, что между верой и разумом нет никакого противоречия. Во второй конституции утверждался принцип главенства римского папы не только над католической, но и над вселенской Церковью. Прерогатива учить «безошибочно» дана папе как преемнику апостола Петра и пастырю всех христиан. Православные и протестантские иерархи Церкви отказались принять участие в работе Ватиканского собора. Ряд участников не согласились с его решениями и покинули форум до начала голосования по вопросу о непогрешимости папы. Они были отлучены от Церкви и вскоре образовали самостоятельную церковную общину, получившую название «Старокатолической». В связи со вступлением в Рим войск Гарибальди и ликвидацией Папского государства работа I Ватиканского собора не была завершена.