Власть в приходах перешла к приходским советам, а фактически – к исполнительным комитетам-«тройкам», состоявшим из старосты, помощника старосты и казначея. Ряд клириков и архиереев, сопротивлявшихся закрытию храмов, были подвергнуты судебным преследованиям по обвинению в финансовых злоупотреблениях. Гонения на церковную организацию сопровождались давлением на верующих мирян – устанавливалась система контроля за посещением гражданами богослужений, совершением таинств крещения, брака, похоронных обрядов, что грозило увольнением с работы или исключением из учебного заведения.

Хрущевские гонения на религиозную жизнь в стране имели серьезные отличия от послереволюционных. Во-первых, они не сопровождались массовыми арестами и физическим уничтожением священнослужителей и верующих. Эта антирелигиозная кампания получила название «тихой дехристианизации», т.е. проходила без громкой государственной кампании, под давлением местных властей и в результате быстрого сокращения сельского населения. Во-вторых, несмотря на антирелигиозные действия внутри страны, активно развивалось сотрудничество Церкви и государства во внешнеполитической сфере. Большая часть международных акций, в которых участвовали религиозные объединения, в целом соответствовала национальным интересам страны. Заинтересованность советского руководства в использовании Церкви в политически выгодных СССР международных мероприятиях, а также стремление создать в глазах мирового сообщества образ свободной и активной Церкви значительно ослабили волну антирелигиозных гонений, которая после отставки Н. Хрущева постепенно сошла на нет. Именно с начала 1960-х гг. международная деятельность советских религиозных организаций приобрела наибольший размах.

В 1970-х – 1980-х гг. перемены на международной арене, связанные с избранием в 1978 г. краковского кардинала К. Войтылы Римским папой Иоанном-Павлом II и с резким усилением фундаменталистского ислама после победы Иранской революции 1979 г., вынуждали советских руководителей в ряде случаев оказывать поддержку так сказать «своим» традиционным религиозным объединениям. Вместе с тем и в этот период идеология «воинствующего атеизма» сохраняла свое господствующее положение, а верность ее догматам брала верх над государственными интересами. Угроза деятельности Советского правительства по-прежнему усматривалась в особом патриотизме православного духовенства, подрывающего господство атеистической идеологии.

Сила идеологической инерции была столь велика, что после прихода в 1985 г. к власти М. Горбачева первые три года политического курса «перестройки» не привели к преодолению наследия антирелигиозного прошлого. Антиреформаторские круги, обеспокоенные зарождением в обществе духовной свободы, даже заговорили о «новых подходах, путях и формах атеистической работы». Пропагандистская антирелигиозная кампания была развернута в 1985–1987 гг. в газете «Комсомольская правда» с целью «снять ореол гражданской смелости с попыток пропагандировать религиозные идеи в советской культуре». Горбачев не занял в связи с этим четкой позиции, не сумев таким образом воспользоваться благоприятной возможностью для завоевания поддержки со стороны верующих, что, по мнению ряда исследователей, негативно сказалось на его политической карьере.