Но и внутри партийной элиты не было единства по стратегическим вопросам развития государственно-вероисповедных отношений. Позиции сторон нашли отражение в двух постановлениях ЦК КПСС, появившихся с интервалом в пять месяцев 1954 года. В первом – «О крупных недостатках в научно-атеистической пропаганде и мерах по ее улучшению» – выражалась тревога по поводу «оживления религии», ее «приспособления» к современным условиям, «расширения и укрепления влияния на население», предлагалось ориентироваться на жесткое, силовое регулирование государственно-церковных отношений и всемерное ограничение деятельности религиозных организаций. Во втором постановлении – «Об ошибках в проведении научно-атеистической пропаганды среди населения», – напротив, осуждалось администрирование в отношении верующих и религиозных обществ и предлагалось регулировать государственно-вероисповедные отношения не с позиции идеологических постулатов, а с позиции права. Таким образом, в условиях внутриполитической борьбы диалог государства и Церкви оказался не нужен.

Некоторое оживление религиозно-церковной жизни в стране наметилось после XX съезда КПСС (1956 г.), но для верующих «хрущевская оттепель» закончилась неожиданно рано. Провозгласив развернутое строительство коммунизма, Н. Хрущев выдвинул задачу «преодоления религии как пережитка капитализма в сознании людей». Практическим выражением идеологической установки стало последнее крупное наступление советского государства на Церковь.

В рассмотренной в октябре 1958 г. на заседании Секретариата ЦК КПСС записке «О недостатках научно-атеистической пропаганды» были названы явления религиозной жизни, препятствовавшие линии на построение коммунизма. Среди них были названы усиление миссионерско-проповеднической деятельности, увеличение количества духовных учебных заведений и расширение контингента слушателей, рост доходов Церкви, благоустройство и ремонт храмов, увеличение количества заявлений об открытии церквей, молитвенных домов и регистрации новых религиозных объединений, факты благотворительности, популярность святых мест и т.п.

Во исполнение партийной директивы Совет министров СССР принял два постановления: «О монастырях в СССР» и «О налоговом обложении доходов предприятий епархиальных управлений, а также доходов монастырей». У монастырей изымались находившиеся в пользовании земельные угодья. В послушники запрещалось принимать лиц моложе тридцати лет. В десять раз повышался налог на доходы епархиальных предприятий и свечных заводов. И одновременно запрещалось повышать цены на свечи для прихожан.

В январе 1960 г. вышло постановление ЦК КПСС «О ликвидации нарушений духовенством законодательства о культах», а в 1961 г. – правительственное постановление «Об усилении контроля за выполнением законодательства о культах», предоставившее местным властям право закрывать храмы без согласия центральных органов. Под давлением властей Собором епископов, собравшихся в июле 1961 г. в Троице-Сергиевой лавре, были внесены изменения в «Положение об управлении Русской Православной Церкви», устранившие священнослужителей от финансово-хозяйственных дел приходов и епархий.