Последний из хасмонейской династии, первосвященник Аристовул III, был утоплен в 36 г. до н.э. по приказанию Ирода в одном из бассейнов дворца. Став владельцем Иерихона после падения власти Антония и Клеопатры (30 г. до н.э.), Ирод Великий (37–4 гг. до н.э.) создал новый дворцовый комплекс по берегам Вади-Кельт. К северу от него были построены ипподром и театр (их руины – в 600 м к юго-западу от Телль-эс-Султана; археологически мало изучены). Ирод также обновил укрепление на южной стороне входа в Вади-Кельт, назвав его в честь своей матери Кипрос (Телль-эль-Акаба). Ирод скончался в Иерихоне в 4 г. до н.э., отсюда его тело было перенесено торжественной процессией в Иродион. После смерти Ирода один из его рабов (Симеон) попытался провозгласить себя царём, а затем сжёг дворец. Царь Архелай (4 г. до н.э. – 6 г. н.э.) восстановил дворец; при нём город значительно расширился на восток. К северу, рядом с крупнейшей плантацией финиковых пальм, было основано поселение Архелаида (ныне Хирбет-эль-Байюдат), просуществовавшее достаточно долго (обнаружена напольная мозаика церкви, датированная 570 г.). В ходе Иудейской войны император Веспасиан разрушил Иерихон и истребил всех его жителей (июнь 68 г. н.э.). В конце I в. римляне построили рядом с его развалинами военный лагерь. Во время восстания Бар-Кохбы (132–135 гг.) его, как считают исследователи, захватил отряд повстанцев, двинувшихся отсюда к Иерусалиму. В IV–VII вв. центр Иерихона сместился на 1,5 км к востоку (современное местонахождение). Иерихон упоминается в «Ономастиконе» Евсевия Кесарийского (не позже 331 г.) и у так называемого Бордоского паломника (333 г.), на мозаичной карте из Мадабы (около 565 г.) он представлен процветающим городом, где существовала христианская община во главе с епископом-суффраганом Кесарии Палестинской (епископы упоминаются в источниках между 325 и 800 гг.). В Иерихоне было построено несколько храмов, среди которых – расширенная при императоре Юстиниане базилика Пресвятой Богородицы, частично открытая раскопками Дмитрия Барамки в 1934 г. Прокопий упоминает о возведении Юстинианом обширного странноприимного дома. Многочисленные монастыри возникают в городе и вокруг него – на месте крепости Док, в Вади-Кельт, к востоку от Иерихона (в частности, раскрыты остатки сирийского несторианского монастыря). Иерихон становится важным паломническим центром на пути к месту Крещения на Иордане, в городе возникло почитание сикоморы Закхея (ср.: Лк. 19:1–10) и дома Раав (ср.: Евр. 11:31). Большая часть монастырей была оставлена после персидского нашествия 614 г. Исследователи полагают, что в Иерихоне была и иудейская община (руины синагоги раскрыты к северу от центра Иерихона), однако основным еврейским поселением был соседний Нааран. Он упоминается в Ветхом Завете (Нав. 16:7; 1 Пар. 7: 28) и в ряде источников I–VII вв.; обнаружение синагоги подтверждает локализацию Наарана в современном Айн-эд-Дуюке, к северу от Иерихона. В VII в. в Иерихоне поселились бежавшие от преследований пророка Мухаммада иудеи племени Бану-Надир.