По соглашениям в Осло (1993 г.) Иерихон вошёл в состав Палестинской автономии, но с началом второй интифады (2000 г.) стал зоной активных выступлений и был вновь взят Израилем под контроль; с марта 2005 г. подчинён Палестинской автономии. Археологические памятники, в том числе и храмы Иерихона, сохранены (за исключением пострадавшей в 2000 г. синагоги «Мир над Израилем») и доступны, однако археологические исследования с начала 1990 гг. почти не ведутся. Основные исторические объекты Иерихона находятся в настоящее время вне центра города. Город эпохи Ветхого Завета локализуется на холме Телль-эс-Султан (3,4 га), в 2 км к северо-западу от центра современного Иерихона. Примерно в 300 м к юго-западу от холма открыты стадион на 3 тыс. мест и театр эпохи Ирода Великого (Телль-эс-Самарат, исследован Э. Нецером). Западнее, вдоль обрыва скалы, тянущегося несколько км с севера на юг – от горы Искушения до Вади-Кельт, расположено около 120 гробниц, которые датируются от 100 г. до н.э. по 70 г. н.э. Они были изучены в 1970–1980 гг. Рахелью Хахлили, которая обнаружила склепы стандартного типа, деревянные расписные гробы и каменные оссуарии с граффити на древнееврейском и греческом языках; в 1981 г. открыт богатый склеп семьи Голиат – священников Иерусалимского храма. Основные сооружения Иерихона новозаветного периода раскрыты в 1,5 км к западу от центра современного Иерихона, в районе Тулуль-Абу-эль-Алайик, по обоим берегам Вади-Кельт (были исследованы Дж. Причардом в 1951 г., основные раскопки вёл Э. Нецер в 1973–2000 гг.). На северном берегу располагался комплекс дворца Хасмонеев. Первоначальный дворец, квадратный в плане, был построен, как полагают исследователи, при первосвященнике Иоанне Гиркане I (134–104 гг. до н.э.; сохранились фрагменты росписей), для его снабжения был сооружён акведук в верховьях Вади-Кельт. Исследователи полагают, что при Александре Яннае (103–76 гг. до н.э.) его расширили: к северо-востоку создан двойной бассейн с павильоном и построен второй акведук – к источникам Эль-Ауджа и Нааран. Позже (93–86 гг. до н.э.) квадратный дворец был засыпан, а на холме построили новый укреплённый дворец. При вдове Александра Саломее (76–67 гг. до н.э.) к югу от бассейна был возведён двойной дворец для её наследников – Гиркана II и Аристовула II. Во дворце Хасмонеев исследователи открыли древнейшую из известных на территории Палестины синагог и наиболее ранние мозаики. Дворец пострадал во время землетрясения 31 г. до н.э.; его западная часть (на холме) оказалась заброшенной, а на месте его восточной части в 30–25 гг. до н.э. был возведён комплекс зданий, бассейнов и садов (второй дворец Ирода), расположенных на разных уровнях. Первый дворец Ирода, построенный около 35–30 гг. до н.э., располагался на южном берегу: большой (84х45 м) прямоугольник открытого двора (перистиля), окружённый различными помещениями, в том числе купальнями, ритуальными бассейнами (микве) и комплексом по получению опобальзама и производству ароматических масел. Наиболее крупным (около 200х100 м) сооружением стал третий дворец Ирода, возведённый около 15 – 10 гг. до н.э. на обоих берегах Вади-Кельт между первым и вторым дворцами.