В раннеарабский период культура получения опобальзама и возделывания финиковых пальм, составлявших основу экономического процветания города, была утрачена. При Омейядах, Аббасидах и Фатимидах продолжало развиваться ирригационное земледелие, основные доходы город получал от торговли индиго и сахаром. В омейядский период на окраине города находились зимний дворец и охотничьи угодья аль-Валида, наследника халифа Хишама (724–743 гг.). В 1033 г. город пострадал от землетрясения, в 1071 г. его разорили сельджуки. В 1099 г. Иерихон захватили крестоносцы. Вскоре он стал собственностью латинского патриарха Иерусалима, с 1112 г. – владением Э. Гарнье, синьора Кесарии и графа Сидона, и его наследников. В 1134 г. владения в Иерихоне были конфискованы и вскоре переданы Приорату Четыредесятницы (монастырю на горе Искушения), а в 1143 г. – монастырю в Вифании. Именно в эпоху крестоносцев гора, где находилась крепость Док, почиталась как место, где Иисус Христос постился сорок дней и был искушаем дьяволом. При крестоносцах были восстановлены некоторые храмы и монастыри в Иерихоне и окрестностях. После взятия Иерихона Салах ад-Дином (1187 г.) крестоносцы оставили город. К 1212 г. оазис уже был заселён мусульманами. Хотя арабские источники XIII–XIV вв. говорят о высоком качестве производимого здесь сахара (арабский географ Якут в 1226 г.) и упоминают серные шахты (Абу аль-Фида, XIV в.), город постепенно приходит в упадок. Паломник Феликс Фабер около 1480 г. упоминает дом Закхея, представлявший собой, по мнению исследователей, башню эпохи крестоносцев (сохранилась до XIX в.). В период господства Османской империи город превратился в небольшую деревню, здесь было поселение осёдлых бедуинов, с конца XIX в. жили арабы из Судана. С середины XIX в. Иерихон, как и другие места Палестины, стали изучать европейские археологи, посещать миссионеры. В Иерихоне начали восстанавливать некоторые церкви и монастыри. К началу ХХ в. население Иерихона составляло 3 тыс. человек, среди которых было и несколько еврейских семейств, покинувших город в 1936 г. Во время Второй мировой войны англичане возвели здесь укреплённый форт (используется до настоящего времени). В 1948 г. Иерихон заняли войска Иордании, и созванный здесь съезд провозгласил эмира Абадаллу I «королём всей Палестины». В 1950–1967 гг. Иерихон официально являлся частью Иордании. Его население выросло до 80 тыс. человек, в основном, за счёт беженцев из перешедших под контроль Израиля районов Палестины, лагеря которых разместились в окрестностях города. В период непосредственного израильского управления проводились археологические исследования.