Плановой застройки улиц и площадей исследователи не обнаружили, и только на завершающем этапе бронзового века, когда плотность застройки увеличилась, заметны признаки единой ориентации крупных жилых помещений и зернохранилищ. Около 2000 г. до н.э. город разрушили вторгшиеся в Ханаан кочевники, но вскоре он был вновь отстроен и укреплён. Исследователи обнаружили мощные фортификации города: крепостные сырцовые стены, защищённые большими насыпями. Во время борьбы египтян с гиксосами Иерихон подвергался разрушению, но был восстановлен. В среднем бронзовом веке (2000–1550 гг. до н.э.), особенно в 1800–1600 гг. до н.э., Иерихон достиг расцвета, был окружён мощными двойными стенами; в нём исследователи открыли коллективные и индивидуальные погребения в шахтных гробницах с керамическим, костяным и деревянным (в том числе художественным) инвентарём и деревянной мебелью, а также здание с алтарями, которое исследователи рассматривают как святилище. Во второй фазе позднего бронзового века Иерихон был разрушен. Исследователи полагают, что это разрушение упоминается в Книге Иисуса Навина, но археологически оно пока не подтверждено. Джон Гарстанг датировал это разрушение 1400 г. до н.э., связав с событиями времени Иисуса Навина. К.М. Кеньон пришла к выводу, что город перестал существовать около 1550 г. до н.э. Отсутствие городских стен в слоях 1300–1200 гг. до н.э. исследователи объясняют результатом действия эрозии, т.к. в последующий период поселение на этом месте не возобновлялось, и слои не образовались. Канадский археолог Брайан Вуд на основе анализа керамики, найденной экспедицией Джон Гарстанга, счёл возможным принять его датировку разрушения Иерихона. Возрождённый в IX в. Иерихон не имел укреплений вплоть до VII–VI вв. до н.э. В 586 г., после взятия Иерусалима вавилонянами, сюда бежал царь Седекия, здесь он был взят в плен и отправлен в Вавилон. Иудеи вернулись в Иерихон в 538 г. до н.э. Позже город играл важную роль в составе персидской провинции Йехуд. Как часть державы Александра Македонского (с 333 г. до н.э.) Иерихон считался собственностью правителя, что во многом препятствовало росту города, однако он процветал благодаря широкой торговле финиками и опобальзамами. До 198 г. до н.э. Иерихон подчинялся птолемеевской администрации, затем вошёл в державу Селевкидов. В 161 г. до н.э., во время борьбы с Маккавеями, сирийский военачальник Вакхид построил укрепления у выхода горных долин к Иерихону – Трекс и Тавр по берегам Вади-Кельт и Док (Дагон) на вершине горы Искушения. При Хасмонеях (около 140–37 гг. до н.э.) к западу от Иерихона, на северном склоне Вади-Кельт, был построен комплекс зимних дворцов, и создана система акведуков (к источникам – в Вади-Кельт и к северо-западу – в Эд-Дуюк и Эн-Нувайима), завершённая при Ироде и функционирующая по сей день. Ирод первоначально не владел Иерихоном, подаренным Марком Антонием египетской царице Клеопатре, но получал доходы от продажи опобальзама; он построил большой зимний дворец к югу от комплекса Хасмонеев.